在一个月内就把法国陆军打得一败涂地的德国人没有高估苏联军队的战斗力，德国军队在第一次世界大战中用一个拳头就把俄国打翻在地。但问题是苏联的地域太大，国土呈西窄东宽的漏斗状，越往东，战线越宽，苏联军队的回旋余地越大，德军不可能像对付法国那样占领苏联全境，甚至连占领乌拉尔的能力也没有，而且苏联夏季短暂、冬季漫长、春秋季泥泞，适于机械化军队作战的时间很短，因此何为德军的主要目标便成为对苏作战计划的核心问题，是苏联军队、国土和重要经济区，还是苏联的政治中心、国家的象征莫斯科?
希特勒进攻苏联的想法源于他对共产主义的极端仇视和对斯拉夫民族的蔑视，而在1941年6月促使他关注东方的原因，除法国被击败外，还有苏联占领比萨拉比亚，把普罗耶什蒂油田置于苏联轰炸机的作战半径之内，引起希特勒的极度不安，所以希特勒对苏作战的目标本身具有多重性，而这种多重性目标直接影响了德国对苏作战计划，导致后来的战略争论、古德里安南下和坐失良机。
希特勒最初的忧虑来自苏联强夺比萨拉比亚，他曾想不通过武力解决这一问题。但到7月中旬，希特勒想一劳永逸地"解决俄国问题"。他在7月13日给哈尔德的训示中要求在4～6星期内"粉碎俄国军队"，占领足够大的领土，消灭苏联空军对柏林、西里西亚工业区和普罗耶什蒂油田的威胁，建立从属于德国的乌克兰、白俄罗斯、波罗的海国家，扩大芬兰领土，再用德国空军摧毁苏联的剩余工业区。根据希特勒的这一要求，哈尔德指令第18集团军参谋长马尔克斯中将研究对苏作战计划。8月5日，马尔克斯提出了他的作战大纲。
马尔克斯计划在普里皮亚特沼泽地北南两侧向莫斯科和基辅发动主要突击，从波罗的海沿岸和比萨拉比亚向列宁格勒和基辅发动佯攻。在第一阶段，德军占领斯摩棱斯克和基辅;在第二阶段占领莫斯科后，北路德军南下，与从基辅东进的德军会合，将苏军大部消灭于莫斯科和基辅之间。德国须投入110个步兵师、24个装甲师、12个摩托化师。德国情报部门统计，苏军有96个步兵师、23个骑兵师和28个装甲摩托化师。马尔克斯计划把莫斯科定为德军的重要目标，预计苏军为保卫莫斯科会与德军决战，从而为德军消灭苏军主力创造大好时机。
哈尔德仔细研究了马尔克斯的计划，又指令总参谋部的罗斯堡中校进行初步的修改。罗斯堡中校把沿波罗的海进攻的德军和向莫斯科、基辅突击的德军分为北方、中央、南方3个集团军群，建议中央集团军群在占领斯摩棱斯克后应等待北方集团军群。
希特勒在放弃进攻英国的"海狮计划"后，把注意力放在东方，开始卷入作战计划的制定。从11月底到12月初，德国陆军总参谋部和3个集团军群司令部对对苏作战计划进行了图上模拟。12月5日，哈尔德向希特勒汇报了图上模拟的结果和结论，称：
"苏联最重要的军火生产中心在乌克兰、莫斯科和列宁格勒。整个作战区域被普里皮亚特沼泽地分为南北两部分。北部的铁路、公路在华沙-莫斯科段要优于南部，苏军在北部苏德分界线的兵力亦多于南部。第聂伯河和北德维纳河是俄军必须坚守的最东面的防线，再向东撤退就会暴露其工业区。德军将以装甲利刃切入，阻止俄军在这些河流的西岸集结，建立防御。
德军必须在华沙地区集结特别强大的军队，向莫斯科推进。在3个拟议中的集团军群中，北方集团军群的总目标是列宁格勒，南方集团军群的目标是基辅。后者的一个集团从卢布林出发，第二个集团从兰姆堡(即利沃夫)出发，第三个从罗马尼亚出发。此次作战的目标是南起伏尔加河河口、北抵阿尔汉格尔斯克一线。德军须动用105个步兵师、32个装甲师和摩托化师，其中有2个集团军作为第二梯队跟进。"
哈尔德修改了马尔克斯的计划：将二路进攻变成三路进攻，把列宁格勒变为主攻目标之一，而削弱了向基辅方向进攻的兵力，并提出阿尔汉格尔斯克-伏尔加河的进攻终止线。
希特勒宣布同意哈尔德方案的总体构想，又附加了自己的意见：德军须迅速前进，不给苏联红军建立稳定战线的机会，将德国东部工业区置于苏联轰炸机的半径之外而把苏联的工业基地置于德国空军的活动范围之内;德国军队经首次攻击就要摧毁苏联军队主力，因此德国北部的2个集团军群应有强大的机动部队;德国北方集团军群须围歼波罗的海地区的苏军;中央集团军群的兵力应非常强大，能增援北方集团军群;在普里皮亚特沼泽地以南，德军从北南两翼围歼在乌克兰的苏军。希特勒没有决定德军在达成上述目标后是否立刻向莫斯科推进。
哈尔德在12月的第一星期把对苏作战的准备工作移交给最高统帅部。最高统帅部作战部部长约德尔根据希特勒的指示，以哈尔德的工作结果为基础，制订出《最高统帅部第21号指令》。这就是巴巴罗萨计划。
这是一个目标相互矛盾的计划。《巴巴罗萨计划》规定："德国国防军必须在对英国战争结束之前即以一次快速远征将苏俄击败。"德军的进攻终止线是阿尔汉格尔斯克至伏尔加河，尔后建立一个防线。迅速占领莫斯科的原因是"攻占该城，意味着政治和经济上的决定性胜利。此外还意味着苏联丧失了最重要的铁路枢纽"。看来德军的主要攻击目标是莫斯科，并尽快向东推进，直到阿尔汉格尔斯克-伏尔加河一线，但《巴巴罗萨计划》又根据希特勒的旨意规定：中央集团军群在粉碎白俄罗斯境内的苏军后，应"以强大的快速部队转而向北"，协同北方集团军群，消灭波罗的海沿岸的苏军，占领列宁格勒，然后再进攻莫斯科。这显然与迅速占领莫斯科的要求相矛盾，其目标变成波罗的海地区的苏军。对于南方集团军群，希特勒要求它"提前攻占在国防经济方面占有重要地位的顿涅茨盆地"。显然该集团军群的目标是经济上的。
希特勒是想样样都得，既要占领莫斯科，夺取广大的土地，又要消灭敌军，还要占领经济区，他没有定出先后次序，不知道何为消灭苏联的关键之处，更没有想到苏联国土辽阔，德军能否在短暂的夏季达到上述3个目标，只一厢情愿地根据对法作战的经验认为：在4～6星期内就可以结束对苏战争，空军经过对苏战争的磨炼会更强大，在秋季到来之前就可以调到西线，继续对英作战。
希特勒或许真像曼施坦因所说，有些军事天才，但他所有的军事经验仅限于西线，对东线一无所知，不知道东线广大的空间、落后的交通设施、恶劣的气候会给作战带来何种影响。《巴巴罗萨计划》的执笔人约德尔最大的本领是溜须拍马，思维混乱，在德国陆军总参谋部中有"迷糊"的雅号。其实德国陆军中有许多在第一次世界大战中在东线打了多年仗的人，但由于希特勒独揽军权，无视前辈的经验，根本没有吸取他们的意见。在制订《巴巴罗萨计划》中犯下大错的还有德国情报部门。负责搜集苏联军事、经济、政治情报的是德国陆军情报局东线外军处。这个处在搜集或鉴定苏联军事资料方面所投入的时间和经费很少，处长金策尔中校是位出身步兵的情报门外汉，连俄语也不会讲。由于苏联严格限制境内外国人的活动范围，德国驻苏武官克斯特林将军虽生长在莫斯科，精通俄语，在苏联任武官有10年，也无法获得苏军的具体情报，只有一个泛泛的报告，说苏联红军是德军的劲敌，但无力进行大规模机动作战，在数量上对德军虽有二比一或三比一的优势，但战斗力低于德军。克斯特林将军的这些结论是正确的，但他大大低估了苏军的战斗力，可是在战后却事后诸葛亮，说在战前他曾提醒德国最高统帅部：时间、空间和气候对苏联有利，苏军有很强的应变能力，占领莫斯科也无足轻重。
德国最高统帅部无法了解苏联坦克和飞机的数量，没有准确的苏联地图，只能依靠航空照片。德军更不知苏联陆军师的准确数目、动员能力及战略预备队的数量，在开战前连对面苏军部队的番号也没有搞清楚。德军入苏两个月后发现情报部门大大低估了苏军的实力，希特勒破口大骂德国情报部门无能。那么如果希特勒知道苏联工业、经济的真实情况，他还会发动侵苏战争吗?英国军事历史学家西顿上校在《苏德战争》中这样说："德国情报部门就是在1940年年底拿出真凭实据说明苏联实力的真实面目，当时希特勒完全可能嗤之以鼻，说那是愚蠢的捏造。"这当然是无法证实的推测，但后来希特勒的所作所为的确如此。自1938年弗洛姆堡事件后，德国陆军已完全成为这个维也纳流浪汉的玩物，一大批极有才干的将军们只有总参谋长贝克上将有骨气，愤然辞职，剩下的个个唯唯诺诺，只想保住自己的乌纱帽，自己作贱自己，违背良知和所受的专业训练，一味服从。待头脑清醒后想推翻希特勒、拯救德国时，希特勒已为他们准备好了绞架，用钢琴的琴弦把他们吊死。绝大部分德国陆军将领，不是被革职罢官，贬为平民，就是成为希特勒、盖世太保的刀下鬼。
这些都是后话。在1940年12月希特勒颁布《巴巴罗萨计划》后，没有一个将军、元帅敢斗胆向希特勒的开战决策提出疑问，都全身心地投入到对苏作战的准备之中。
根据《巴巴罗萨计划》的要求，德国对苏战争的主力仍是经过战火锤炼的装甲部队，这个计划中还有这样的规定："必须大胆作战，坦克分四路深入，以消灭俄国西部的大量俄国陆军;还须防止敌人退入俄国的辽阔地区。"希特勒见装甲部队是击败法国的关键性力量，在对法战争结束后对装甲部队进行了整编和扩编，德国装甲师的数量从1940年春的10个师增加到1941年6月22日的21个师，摩托化师增至13个。德军这21个装甲师(实际投入侵苏战争的是19个)被编为4个装甲集群：霍普纳将军指挥的第4装甲集群，辖第41装甲军和第56装甲军，共3个装甲师、3个摩托化步兵师和2个步兵师;霍特将军指挥的第3装甲集群，辖第39、第57装甲军，共4个装甲师和3个摩托化师;古德里安将军指挥的第2装甲集群，辖第24装甲军、第46装甲军和第47装甲军，共5个装甲师、3个摩托化师和1个骑兵师;克莱斯特将军指挥的第1装甲集群，辖第3、第14、第48装甲军，共5个装甲师和3个摩托化师。
虽然德军装甲师的数量增加了1倍，但坦克数量并没有增加多少，苏德战争开始时只有3550辆，比入侵西欧时多800辆。装甲师数量的增加，是由于希特勒对师的数量的偏爱。德军装甲师原来的核心是坦克旅，每旅有2个坦克团，每团有160辆坦克。希特勒为了增加师的数量，从每个装甲师中抽出一个坦克团，再配一个摩托化步兵旅和一个摩托化炮兵团，就组成一个新的装甲师，这样1941年一个德军装甲师的坦克比过去少了一半，在150～200辆之间。德军使用的大部分坦克仍是Ⅲ型，有部分Ⅳ型，德军在坦克数量上与苏军相比居劣势，但坦克的质量居优势，坦克兵的素质，特别是指挥官的素质和经验，远远胜过对手。除这4个装甲集群外，德国陆军的其余部队还处在骡马时代，除能乘火车外，就得靠双腿行走，辎重和火炮都用骡马牵引，和拿破仑时代陆军的前进速度相同，只能当铁砧使用。
根据《巴巴罗萨计划》的要求，德军3个集团军群从1940年年底起，着手拟定各自的作战计划。
德军北方集团军群司令是李勃上将。他指挥屈席勒尔将军的第18集团军、布施将军的第16集团军和霍普纳将军的第4装甲集群，由克勒尔将军的第1航空队提供空中支援，共有26个师。李勃的任务是率部从东普鲁士东北部出发，占领800公里以外的列宁格勒，消灭波罗的海沿岸的苏军和苏联波罗的海舰队，并与芬兰军队会合。李勃对面的苏军是波罗的海军区和列宁格勒军区(战争爆发后改为西北方面军和北方方面军)的三个集团军。李勃把霍普纳的第4装甲集群当作开膛破肚的尖刀，部署在中间，充当先锋，首先冲到德维纳河畔的道加夫皮尔斯，抢占桥梁，不停顿地冲向列宁格勒，切断波罗的海沿岸与内陆的联系，把苏军打得晕头转向，乱成一团。跟在其后的两个集团军扫荡苏军残兵，把苏军驻波罗的海沿岸的部队压到海岸后再消灭。
霍普纳南面的是中央集团军群，由博克元帅指挥，凯塞林元帅的第2航空队提供空中支援。这是兵力最强的集团军群，计有霍特的第3装甲集群、施特劳斯上将的第9集团军、克鲁格上将的第4集团军和古德里安的第2装甲集群，共51个师。博克的总目标是占领莫斯科，但其当前任务是包围和消灭白俄罗斯的苏军，占领斯摩棱斯克，打通奥尔沙陆桥，为下一步占领莫斯科创造条件。由于当面苏军西方方面军呈前沿部署，博克把2个装甲集群部署在两翼，北面是在东普鲁士的霍特，南面是在华沙附近的古德里安，准备对苏军实施大纵深迂回包抄。博克想撒开一个大网，同时伸出两支铁臂，在600公里外的斯摩棱斯克合拢，把斯摩棱斯克以西的苏军连根拔起，一锅煮熟，一步跳到莫斯科的大门口。但缺乏军事业务专门训练、又爱干预战役战术细节的希特勒担心这两支铁臂会因伸得太长而被苏联人砍掉，坚决主张合拢的地点是350公里外的白俄罗斯首府明斯克。博克哭笑不得，大失所望。只得更改初衷，把一个大网变成好几个小网，博克的两支铁臂在明斯克合拢，切断明斯克-斯摩棱斯克-莫斯科公路，堵住苏军的退路。与此同时，施特劳斯的第9集团军和克鲁格的第4集团军从北南向前伸出，再合紧，把比亚威斯托克突出部的苏联第10集团军也扔进肉锅。由于装甲部队的速度快，装甲集群和步兵集团军收网和架锅几乎能同步完成。一俟苏军入网、进锅，2个集团军分兵疾速追赶装甲部队，而2个装甲集群不待步兵赶上，就向斯摩棱斯克伸出铁臂，在斯摩棱斯克筑起铁墙，后面的步兵继续东进，把明斯克和斯摩棱斯克之间的苏军挤成肉饼。
博克南部的是南方集团军群，司令是龙德施泰特元帅，由第4航空队提供空中支援。龙德施泰特在整个《巴巴罗萨计划》中充当配角，其所辖兵力有40个德国师、14个罗马尼亚师和1个匈牙利军，他的总任务是占领基辅，进至伏尔加河。但其第一阶段任务是占领基辅，占领西乌克兰，消灭当地的苏军西南方面军(辖4个集团军)一部。龙德施泰特的部队实际由北南两个集团组成。北集团部署在波兰卢布林地区，有赖歇瑙元帅指挥的第6集团军、克莱斯特将军指挥的第1装甲集群和斯图尔纳格尔指挥的第17集团军。南集团是驻罗马尼亚的德国第11集团军、罗马尼亚第3、第4集团军。龙德施泰特的主力是北集团左翼的第6集团军和第1装甲集群，共20个师。这两个集团军从卢布林地区出发，第6集团军在左，克莱斯特的第1装甲集群在右，贴着普里皮亚特沼泽地的南缘，先奋力突破苏军的防御，向东南直逼基辅，在接近基辅以西约130公里的日托米尔时，第6集团军与第1装甲集群分兵，前者转向东，从南北两翼钳击基辅，占领基辅附近第聂伯河上的渡口;后者抛开步兵，先继续向东南疾进，然后突然掉头杀向正南，奔向黑海海岸，包围部分苏军西南方面军和整个南方方面军。与此同时，北集团右翼第17集团军占领普热姆尔要塞后亦向东南推进，把后路被抄、军心大乱的苏联军队推向东面，赶到克莱斯特装甲集群的履带下，配合左翼的两个集团军，撕开苏军西南方面军的防线，再把南方方面军装进口袋。在克莱斯特的第1装甲集群杀向黑海时，龙德施泰特放出右翼南集团的三个集团军。德国第11集团军居中，两个罗马尼亚集团军在两翼，三路并进，渡过普里特河、德涅斯特河，把苏联南方方面军赶进克莱斯特张开的口袋。在消灭苏联南方方面军后，龙德施泰特就向哈尔科夫和伏尔加河推进。
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