瞿鸿禨是最后一代拜相的科举儒臣，可以说生不逢时。他在庚子后入值军机，面临的任务等于是阶级自杀：废除科举，推行新政，办理立宪。他和岑春煊结成联盟，反对庆亲王和袁世凯。
从儒家的传统观念看，瞿鸿禨代表清流，袁世凯代表浊流。因为前者是翰林出身，珍爱儒家价值观;后者不是两榜正途，喜欢以利禄驱使豪杰。
在反腐方面，瞿鸿禨比较积极。袁世凯则更重视实际办事能力，多多少少认为消极的操守不是最重要的。但从改革的积极性和可行性方面考虑，袁世凯比他更有责任感。
1906年的官制改革使双方短兵相接。瞿鸿禨知道旧制度已经不可能保全，但仍然希望在变法中多少保留一些遗产，例如用经济特科取代科举，在保留军机处的基础上推行责任内阁制。袁世凯的官制改革计划比他彻底得多，准备干脆取消军机处和科举，拥戴庆亲王为内阁总理大臣，实行彻底的内阁负责制。
京师百官震动，对袁世凯群起而攻之，迫使他狼狈不堪地返回天津任所。军机处改组后，瞿鸿禨权倾朝野，但好景不长。丁未政潮(1907年)迫使瞿鸿禨辞官还乡，永远退出了政坛。
这次事件的真实原因至今难以确定，慈禧太后提出的正式理由是：瞿鸿禨向《泰晤士报》泄露机密，企图利用国际舆论实现驱逐庆亲王的目标。民间的谣言则认为：袁世凯派他的党羽蔡乃煌伪造了瞿鸿禨-岑春煊私通康有为的材料，欺骗了太后。庆亲王-袁世凯集团暂时胜利，但慈禧太后一死，也被摄政王赶走。双方的改革方案同时落空，责任内阁在武昌起义后才得以成立，那时已经为时太晚。
瞿鸿禨隐居长沙，颇有士大夫的风骨，闭门作诗，修身养性，拒绝一切政治事务，跟袁世凯“钓翁眼底小王侯”的所谓隐居形成鲜明对比，说明清流与浊流的说法并不是儒生的自吹自擂。
辛亥革命后，他不食周栗，流亡到“首阳山”(上海租界)。湖南军政府对他极为不满，借口筹饷，夺走了他的积蓄。此事的不公正在于：他在晚清是比较清廉的人，反对民国完全出于“忠臣不事二主”的个人操守，并不是反对共和主义理念;袁世凯集团大多不如他清廉，投靠民国完全是机会主义行径，根本不是热爱共和国的原则。
民国当局收买机会主义者，惩罚清高之士，玷污了自己的原则。许多遗老反感民国，其实主要是反对机会主义。郑孝胥就说共和国是美事，符合尧舜三代的宗旨，但大清的臣子既然已经蒙恩食禄，就不能对不起大清。真正的士大夫永远不会忘记他不是普通老百姓，要用更高的标准要求自己，瞿鸿禨就是这种真正的士大夫。
袁世凯把他的隐居解释为留念君主制，以为洪宪复辟就能让他满意，卑辞厚礼请他出山，却遭到拒绝，因为“事二夫(士大夫对待君主犹如女子对待丈夫)”比投靠民国更可耻，投靠民国或许还真是因为偏爱共和国的缘故，投靠新皇帝就说明你什么原则都没有：如果你爱君主制，为什么要背弃施恩于你的大清?如果你爱共和国，为什么要投靠袁皇帝?袁世凯做民国大总统，还能勉强解释成共和国天下为公;自己做皇帝，那就变成欺骗孤儿寡妇的奸臣和欺骗国民的国贼了。黎元洪、徐世昌等人都在大清做过官，可以根据前一种理由投靠民国;但如果第二次倒戈，就没法解释自己的行为了。袁世凯一称帝，就等于宣布他的臣子都是可耻的机会主义者，同时得罪了新派和旧派，这是他失败的重要原因。
法统重光以后，黎元洪大总统佩服瞿鸿禨的节操，再次请他出山。他仍然拒绝，证明了自己的价值观。这位隐士的晚年生活非常简朴和节制，令人难以想象他曾经身居相位。他以作诗和育儿为乐，身后只留下大量的藏书，结果产生了大学者瞿同祖。在遗老们看来，他和袁世凯的生平证明了他们的观念或偏见：无论多么美好的事业，都经不住投机分子的玷污。英国人热爱君主，美国人热爱共和国，都是美好和正当的，但中国的革命一次又一次解放了投机分子，毁灭了正人君子，使得任何主义本身的优劣都变得不太重要了。
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