在太平天国运动动荡不安的时期，湖南巡抚骆秉章一直将左宗棠留在身边当幕僚。对左宗棠而言，他只是湖南巡抚邀请的首席军事顾问，并没有实际的官位，因而中国官员的花名册上也没有他的位置。但他并不为此沮丧，而是想方设法使自己从小小的顾问成为一个重量级人物。左宗棠后来回忆说，最初，骆秉章对他还怀有挺强的戒备心理，但短短一年时间不到，情况就变成了骆秉章一遇到事情总要向左宗棠征询意见，而左宗棠的建议基本都会被照单全收。梁启超评价说.骆秉章只是一个能量不大、才干平平的巡抚，他不大情愿担负职务重任，常年沉迷于胭脂粉黛，对那个阶段的湖南来说，左宗棠才是真正的巡抚。

　　若这个情况属实，那么在这个多灾多难的时候，湖南省实际上拥有全国最好的巡抚，这也是一件非常幸运的事。

　　身处这种特殊状况中，自然会有特权官僚阶层的官员们嫉恨左宗棠。事态的严重性还在于他天生的坏脾气没有些许好转，于是一种议论很快流传开来，人们都在传言说，一般人很难和左宗棠相处好。皇帝耳闻这些事情，开始向臣子们询问左宗棠的有关情况。终于有人再次向皇帝力荐左宗棠，这是一位御史，他在奏折中写道:“若使独当一面，必不下于胡林翼(湖北巡抚—原注)诸人。

　　一次,郭嵩焘进京面见天子，皇帝知晓两人曾经是邻居后，便向他询问了很多有关左宗棠的问题，包括他的秉性和能力，还有为何与同事合不来的情况。对左宗棠的能力，郭篙燕给予了极高的评价，但也对他的脾气颇有微词。他说左宗棠不肯通融，傲慢自负，直言无忌，只有少数几个人能和他融洽相处，似乎最近骆秉章和他的关系就很不错。

　　皇帝则说，他对左宗棠这个人很有兴趣，非常想起用这个人，对于他的坏脾气也不是很在乎，只是不知道什么官位会比较适合左宗棠的能力发挥。皇帝还担心，既然左宗棠很快就要满50岁了，年纪将会成为他为国效力的阻碍，可能他能为朝廷所用的时间不长了。

　　但事实上，这些年来，左宗棠为了国家一直呕心沥血、鞠躬尽瘁。为了支援湘军，他竭尽全力，正在江西和安徽作战的由曾国藩指挥的这支部队，实际上是由湖南省在独力支持着。对于左宗棠的贡献，曾国藩也十分感谢。1856年，他在给皇帝的一份奏章之中极力推荐左宗棠，将左宗棠的满腔忠诚和保障后勤的巨大贡献全部写进了奏章中。

　　曾国藩的举荐，使左宗棠终于获得了兵部郎中的职务，并被赏戴花翎。 还有一位老友胡林翼也从没有放弃过任何举荐左宗棠的机会，通过他在官场中的影响力，为左宗棠谋得了一个战地前线指挥官的官职。

　　但曾国藩和左宗棠之间的隔膜并没有消除，这两个男人因本身气质不同，也绝不会有融洽相处的可能。当年曾国藩在湖南募集新军时，曾经和湖南省当局产生不小的矛盾。当时巡抚对全省的匪患非常焦虑，为了防守长沙，他授意候补官员王珍到民间召集一支志愿军。曾国藩和王珍在此事上发生了矛盾。王珍和左宗棠是挚交好友，所以，左宗棠在这场冲突中的立场似乎站在了王珍这一边。甚至，王珍有可能私下谋划过取代曾国藩，而由自己来组建这支湘军，曾国藩显然不会与王珍建立和谐的关系。因此，将来一天曾国藩将这种负面情绪带到王珍的朋友身上，也就可以理解了。

　　1854年春天，长沙周边频繁发生战斗.王珍也参与了其中一场规模很小的战斗，战果是击毙了大约30名太平军士兵，而王珍却将这个结果上报为一场大捷。“当关于这场战斗的联衔奏章起草完毕之后，曾国藩仔细审读了文件，并在上面签署了自己的名字。但是，在呈送朝廷的最后一版正件上，左宗棠对奏章的内容做了一定增删。在他对奏章进行的修改中，为朝廷描述了一场莫须有的胜利。这个行为让曾国藩极其愤怒。

　　其实我们不难理解，在太平天国运动发展得如火如荼时，再微小的胜利对于一个摇摇欲坠、朝不保夕的政权而言。都是一场值得庆祝的大捷。而人们性格中最为常见的秉性不过是夸大偶像的成功，然后缩小贬低所厌恶之人获得的成就。在曾国藩和王珍朋友的眼中，这场战役的结果很可能极为不同。可是，左宗棠这么一件小事，曾国藩似乎从来都没有忘记。

　　曾国藩手下的这支新军需要听话的手下，而对于左宗棠的秉性，曾国藩也甚为了解，因此，他对将左宗棠任命为指挥官加入湘军颇为犹疑。左宗棠对此心知肚明，所以才依旧在湖南巡抚衙门里待着。然而，1859年左宗棠因为一个事件被迫从骆秉章的幕府离开。

　　事情是这样的，在左宗棠的强力干预下，一名庸官被撤了职，但此时的左宗棠已经树立了太多对头，他的敌人们就将此事充分利用起来向皇帝告状，说现在的湖南巡抚不过是左宗棠手中的一个工具，事实上形同虚设。皇帝下诏就此事展开调查，左宗棠则奉诏前往武昌，接受清廷讯问。对左宗棠来说，这件事极为不利，如果不是胡林翼当时是湖北巡抚，为了力保左宗棠直接求情于总督，那这件事可能不会中途作罢。

　　这时的左宗棠决心再次参加科举，继续向第三学位发起冲击。1860年2月，他离开长沙，于湘阴老家逗留数日后就出发去了北京。3月24日，他走到湖北襄阳时，接到了湖北巡抚胡林翼的来信，请他去商讨战事，地点在安徽宿松，这是当时曾国藩设立的总司令部所在地。于是左宗棠又一次从前往北京的路上返回，从汉口转道宿松，一连几个星期都没有离开曾国藩的大营。

　　胡林翼信中提到的战事是对安庆进军的方案。会议上，左宗棠毛遂自荐，要求带领一支部队前往攻打安庆城。曾国藩却拒绝了左宗棠的热情请求，他跟左宗棠说:让你去前线指挥部队作战，恰如画蛇添足。

　　整个帝国此时面临着战场形势急转直下的局面。在南京周边包围的清军受到太平军展开的一次猛烈攻击，而这次攻击则将他们一举击溃。然后太平军奔袭浙江，在安徽南部打了好几个胜仗，对江西省构成了极大的威胁。更何况这个时候还处于第二次鸦片战争期间，法国和英国集结了可调用的所有力量准备发动1856年至1860年以来针对北京的最后攻势。而太平天国第一批王爷中硕果仅存的石达开则威胁着天府之国—四川的安全。

　　1860年春天，朝廷不断催促曾国藩，希望他能在与太平军的战役中做出点成绩来。这份诏令使曾国藩坐立不安。处于困境急需翻身的曾国藩终于听从了胡林翼的建议，授权给左宗棠，让他自行组建一支部队前往战场。同时，胡林翼直接将此事上奏朝廷，皇帝下令，同意左宗棠在湖南省内招募军队5000人，前往江西和安徽前线作战，并将他委任为湘军司令曾国藩的助手。1861年6月26日，在长沙，左宗棠终于接到了这份期盼已久的上谕。

　　在接到上谕之前，左宗棠已从宿松回到湖南。6月23日，他抵达长沙，随即就着手招募队员，组建部队。他先后向几位友人写信，邀请他们加入自己的部队。他选择的参谋长是王珍的哥哥王开化，副官长是杨昌浚和刘点。这支部队招募到的官兵人数和分配情况如下:

　　王珍旧部，1,440人;

　　4营官兵，每营500人，共2000人;

　　4个总哨，每哨320人，共1,280人;

　　卫队，200人;

　　总计4,920人。

　　1860年7月21日，这些官兵在长沙城外集结完毕，开始了正规训练。此时，四月的局势令朝廷十分恼怒，询问湘军司令曾国藩:四川的局势派左宗棠去处理是否合适?一年之前，也有类似的恐慌发生在四川省。那时候，皇帝派去救火的是曾国藩。现在，曾国藩用同样的理由阻止了朝廷下达派遣左宗棠前往四川的诏令。曾国藩说，四川是个人口众多、富庶丰饶的省份，完全可以依靠本省的力量打败太平军。

　　对四川来说，左宗棠的军队也就5000人，帮不了什么大忙，但是如果把这支军队派到江西，却能对江西的局势起到决定性影响。于是朝廷听从了曾国藩的建议，下达旨意:左宗棠必须在两个月内完成对部队的训练，然后带领部队前往江西。

　　1860年9月22日，左宗棠离开长沙.带领他那仅有5000人的小部队开赴江西南昌。在左宗棠终于踏上军人道路的时候，按照中国人的算法，他已经49岁了，就算是按照西方人的算法，也已经有48岁了。对于一位将军来说，很多人可能会觉得这个年纪已经有些超龄。可是，左宗棠还是开始了自己真正的带兵生涯。

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