有人可能会说，窝阔台后人和察合台后人反对忽必烈，是因为忽必烈曾夺去了大家选出来的阿里不哥的汗位。其实，这种说法是有些偏颇的。为什么呢?咱们来详细了解一下具体情况。
窝阔台后人与忽必烈的矛盾，还得往上推到蒙哥。
原本蒙古大汗之位一直在窝阔台系后人中传递，包括成吉思汗早就已经说过，不管怎样，大汗之位都要在窝阔台后人中传递这样的话。但是由于窝阔台本人没有选好接班人，再加上窝阔台后人们闹不团结，互相攻击，因此，最有实力的术赤系与拖雷系联合起来，武力干预，生生地把大汗之位从窝阔台系后人手中，转移到拖雷系后人(蒙哥)手中。
这件事当然引起了窝阔台后人(主要是他的孙子们)不满。他们停止了互相攻击和争论，联合起来，准备造反。
蒙哥当大汗后，为了感谢大家，摆了一个多月的酒宴，请贵族宗王们吃喝玩乐。窝阔台的孙子(失烈门、忽察、脑忽等人)便利用这个空档，悄悄把武器运达宴会附近，准备趁大家喝醉不注意的时候，发动政变。
可惜事情做得太不牢靠，被蒙哥的一个放鹰人给发现了，立刻报告蒙哥。蒙哥迅速出动军队，把窝阔台的孙子们一锅端。他把主谋者贵由的遗孀海迷失放在口袋里，沉入水中闷死。窝阔台的那些孙子们，他则把他们迁往各地软禁起来。并夺了他们的军队，派人严密看守。
在整个蒙哥时代，窝阔台后人们都闭声闭气。
事情的转机出现了蒙哥战死后，忽必烈和阿里不哥为争夺汗位打了起来。就像蒙哥利用窝阔台后人们不团结而夺得汗位一样。窝阔台孙子中，有个被迁到海押立的宗王海都，也利用蒙哥的兄弟们不团结，开始崛起。他先是把窝阔台的后人们都组织起来，形成一个团体，然后联合术赤后人攻打察合台后人，把自己做大。接着，便和忽必烈打了起来。
为了对付忽必烈，海都一方面试图让术赤后人继续和自己联合与忽必烈作对。另一方面，他又联合位于东北地区的成吉思汗幼弟的后人乃颜，试图东西联合夹攻忽必烈。
但忽必烈不是善类，他虽然已经74岁了，但依然坐在由四匹大象驮着的一座大房子中，亲自指挥打了这场战争。打败了乃颜，并打伤海都。海都不久去世。
海都去世后，窝阔台后人们没有了海都这样一个强力君王，又开始闹不团结，互相攻击，结果被忽必烈的后人各个击破，(这个我们后面还要说道)。
咱们再来说，察合台后人为什么也反对忽必烈。这件事，还应该朝更远的地方推，推到贵由那里。
察合台去世时，把他可汗的位置传给自己的孙子哈剌旭烈。哈剌旭烈是察合台长子木阿秃干的儿子。木阿秃干是成吉思汗最喜欢的一个儿子，打仗非常勇猛，但是在第一次西征中战死了，成吉思汗非常伤心。察合台可能是想弥补木阿秃干，可汗之位不传子，传给了孙子。
窝阔台儿子贵由与察合台第五子也速蒙哥关系好。贵由上台后，就领兵前往干预，把哈剌旭烈的汗位夺了，交给也速蒙哥。(历史上说也速蒙哥是个憨子，不知道是否属实。)哈剌旭烈和他的妻子兀鲁忽乃，逃到拖雷系手下躲藏起来。
后来，拖雷系的蒙哥上台后，再一次武力干预，让哈剌旭烈和他的妻子兀鲁忽乃回去复国。结果哈剌旭烈走到一半就死了。兀鲁忽乃是个了不起的女子，她继续往国内赶，在蒙哥帮助下，杀死也速蒙哥，主持察合台汗国政务长达10年。
蒙哥战死后，忽必烈与阿里不哥大打出手，两人同时派了一个人回去当察合台汗国的可汗(当时还是兀鲁忽乃监国)。结果忽必烈派去的人兀鲁克被阿里不哥派去的人阿鲁忽(察合台第六子)给杀了。阿鲁忽就娶了兀鲁忽乃为妻，兀鲁忽乃退位，阿鲁忽当了可汗。
不久，阿鲁忽去世，他的儿子木八剌沙当了可汗。但这时候，忽必烈已经战胜阿里不哥，坐稳了大汗的位置。他当然要干涉。于是又派八剌(察合台的重孙子)去夺取了木八剌沙的汗位。
这时候，窝阔台汗国的海都崛起。海都当然是要和忽必烈斗的，同时也是为了自己的利益，所以联合金帐汗国攻打八剌，八剌战败去世，汗位由布花帖木尔获得，这是海都的一个傀儡。
后来，海都又将汗位交给八剌的儿子都哇。虽然海都曾打败都哇老爹八剌，但既然汗位是海都给的，他自然听海都的，和忽必烈斗。
后来，海都在和忽必烈作战中受伤去世，都哇这时候不想受窝阔台汗国控制，就投靠了忽必烈，和海都的儿子察八儿打起来，并吞并了窝阔台汗国的大部分土地。
由此可见，所谓窝阔台后人、察合台后人反对忽必烈，根本的原因，并不是忽必烈夺去了阿里不哥的汗位，而是为了自身利益。
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