主题
松本清张前期作品可归纳为两大类：一是历史小说，如《西乡钞票》、《枭示抄》、《战国权谋》等作品都有很高的艺术水准。二是刻画逆境中的人物，以其生活道路和失败命运为中心，表现他们高尚痛苦的心灵变化轨迹，写出了现实人生的真实一面，代表作品有《某〈小仓日记〉传》、《菊花枕》等。松本清张表面写的是历史事件和历史人物，却以当代脉动的敏锐感，折射战后初期日本现实话题。松本清张在后期对日本现代史表现出浓厚的兴趣，审美视野相当开阔，在文学和历史间纵横驰骋。
推理小说是松本清张的工具，他能写出那么多精彩的推理小说，因为他不靠巧思，他的推理是为了探究犯罪的动机，铺陈犯罪动机又是为了彰显社会正义。“清张革命”真正革掉的，是日本文化的“表层意义”，是日本社会习惯性的“忽略压抑”。透过一部部小说，松本清张不允许日本人继续将不愉快的记忆、难堪的状况、痛苦的责任，全部堆到集体潜意识的黑暗角落里去。“清张革命”号召日本人过“整全生活”，别偷偷摸摸的一边冠冕堂皇，一边暗夜饮泣。松本清张小说里的犯罪几乎都来自于人的表里不一，虚伪错乱，想要推卸应该承担的责任，想要冒充自己其实并不具备的高贵人格，是松本清张眼中最大、最可怕的罪恶。
松本清张作品的另一个特点是没有对暴力和色情的渲染，使读者平静地享受逻辑推理的乐趣。如果说，他在早期作品中所发出的切切哀诉，还只是对时代和整个社会的泛泛之声，那么，后期他对所处时代有了更清醒的认识，找准了抨击目标。他使推理小说跳出了侦探破案的框框，第一次将美国占领日本期间的历史作为叙事主体。这是松本清张一次真正的思想飞跃和创作挑战。从小说题材和内容上看，他后期的创作分为三大类，均着力表现了风起云涌的大历史中不为人知的细节：《日本的黑雾》拂去历史的尘埃，对美国占领日本时期的所作所为穷追不舍，揭露扑朔迷离且影响重大的历史事件的本来面貌，对长期流行的观点作最新阐释，《点与线》《隔墙有眼》等作品坚持现实主义创作法则和细节的真实，揭示时代的痼疾;《日本官僚论》等则生动描写日本中央12个部委的官场生态细节，准确把握官员人性和官性的矛盾统一，展现了一幅日本当代政治生活的全景图。
松本清张的现实题材报告文学《日本的黑雾》 对美国占领日本初期扑朔迷离的事件真相进行挖掘与还原。其中的《“帝国银行事件”之谜》讲述1948年1月，一名中年男子在帝国银行东京椎名町分行，声称奉美军总司令部之命，给该行16名职工服用预防流感药水，其中12人离奇死亡。书中人物的死亡形式恰好成为松本清张了解、探求历史真相的一个隐秘窗口。他运用逻辑分析和推理，把能够掌握的历史碎片串连拼合，从纷繁复杂甚至互相矛盾的材料中跳出来，形成自己新颖独到的见解：二战前在中国东北的日本细菌部队，在美军招降纳叛下继续从事细菌武器的研究。“帝国银行事件”就是用这种细菌配制的药水做人体实验。松本清张在《日本的黑雾》中，不使用任何虚构内容，而是援引官方文献资料，综合分析每个事件的前因后果。作者在该书的跋中谈了自己的创作初衷：“我不是在举笔之初，就怀有反美观点的，也不是一开始就用‘占领军的阴谋’这把尺子来衡量一切的。我只是在调查每起事件的来龙去脉后，才得出这样的结论。”这一独白为美国军事占领日本时，松本清张的忧国伤时心境提供了新的认识视角。
风格
松本清张摆脱单纯侦破案件的拘囿，以批判现实主义手法，从不同途径获得的第一手官方机密案卷材料，进行严密而逻辑清晰的梳理，去伪存真，表现出难能可贵的超越，在日本推理小说作家中无人能望其项背。他的作品力求给读者以积极的人生启示，是对过往推理小说的反拨与校正，具有纠偏补弊之功。作品描写犯罪，没有停留在出于个人恩怨、桃色纠纷或图财害命等情节，而着重揭露官僚政客出于政治上的阴谋诡计而杀人灭口，体现了一种朴实而严肃的美学追求，拓宽了推理小说的表现领域。他在长达59年的文学生涯中，引领了一个新的阅读与写作潮流，留下许多经典之作，成功地将此前备受非议的侦探小说转变路径，显示了文学作家应有的高端素养和拥有的艺术功力。
松本清张认为推理小说运用推理逐次拨开疑云迷雾，去疑解惑，对侦破犯罪案件过程的重视甚于结果，借助情节悬念丛生，进展很自然融入读者的想象空间。同时，他还强调对作案动机的分析，不但对作案人作内心剖析，尤其在于深入挖掘犯罪的社会原因。松本清张正视现实，深究造成犯罪的社会原因，在立意、人物、意境设置等方面着意变革， 加快推理小说写作转型。被评论界称为世界十大推理小说之一的《点与线》，最能体现松本清张的创作功力。《点与线》中，中央某部主任同机械设备公司经理安田辰郎内线交易弊案事发，安田夫妇把知情的代理科长佐山宪一和小雪餐厅女侍阿时诓骗到九州岛深山，用掺有氰化钾的橙汁分别毒死这两个根本没有爱情关系的男女， 然后移尸一处精心埋设伏笔。警方最初却把这种虚假现象视为破案的线索，然而暗礁都藏在不易觉察之处，随着奸商夫妇渐渐浮出水面，负面猜测被消除，他们觉察到大祸临头服毒殒命，读者只能在书的末尾才能得知分晓。
松本清张的创作风格，深受他喜爱的本国和外国作家的影响。在日本作家中，他对芥川龙之介、森鸥外和菊池宽等现代文学大师推崇备至。日本文学评论家认为，他对日本文学独具特色的“私小说”和日本自然主义文学运动后期作家及其作品持批判态度，敏于对社会问题和艺术审美的思考。也许正是这一点，使他的作品表现出与“私小说”缺乏对社会和人生的深刻探讨大相径庭的特点。
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