今天人们普遍认为圣殿骑士团的毁灭是千古奇冤，但腓力四世的指控是否完全空穴来风无中生有呢?也不尽然。圣殿骑士团长期扎根于圣地，在多年与穆斯林的交往中，难免受到后者一些风俗习惯的影响。由于同穆斯林作战时常有被俘的危险，为了应对敌人的侮辱甚至刑讯逼供，他们还发展出了一套特殊的入会仪式及“训练方法”。在欧洲民众看来，难免离经叛道，甚至有异端的嫌疑。此外骑士团严格意义上来说，属于天主教会下属的修士会，入会时需发绝财、绝色、绝意“三愿”(或称“安贫”、“禁欲”、“听命”)，然而日后骑士团的所作所为，很难说遵守了上述誓言。200余年中，一直有关于他们的负面传闻在欧洲流转。
当阿卡陷落，十字军国家覆灭之后，这种指责更甚。但雅克·德·莫莱对此的“危机公关”却犯下了大错。他没有谋求通过内部的秘密整顿来消弭这些罪愆，反而在面见教皇时，将百年来骑士团施行的宗教密仪和盘托出，并希望教皇来出面推动骑士团的改革。家丑外扬后的结果是，克雷芒五世大为震惊，并提出让法国政府介入调查。而雅克·德·莫莱对危险一无所知，竟未表示反对。
这样，就等于他亲手引狼入室，将骑士团送进了屠场。虽然腓力四世手下出台的认罪书漏洞百出，而且不乏刑讯逼供的结果，但某些内容，如新团员入会时互相亲吻，掌掴、践踏十字架，甚至对耶稣像吐唾沫，可能是的确存在的。其中原因，如前所说，可能最初是为了“模拟”被穆斯林俘获后可能遭遇的折磨，并作为对新骑士的考验。但在中世纪那个猎杀女巫的时代，这些“罪状”一经公开，也足以致命。其实医院骑士团的团规和入会仪式很大程度上也参考了圣殿骑士团，但他们并没有自行揭露这些密仪，并在圣殿骑士团事发后大幅修改和简化了自己的传统仪式，不给敌人任何口实。因此，骑士团被揭露的“罪行”固然有法王夸大歪曲的结果，但自身的不谨慎也是重要原因。
其次，圣殿骑士团的覆灭是教廷与法王博弈并互相妥协的结果。在克雷芒五世之前，教皇卜尼法斯八世(1235-1303)曾希望励精图治，重振宗座的权威，于1296年颁布《教俗敕谕》，规定不经教皇允许对教会征税者将一律处以绝罚。此举激起了亟需扩大财源的法王腓力四世的强烈不满，双方的关系变得剑拔弩张。1301年腓力逮捕了教宗派往法国的使节，作为回应，卜尼法斯八世在第二年颁布《神圣一体敕谕》，宣称教宗权力高于世俗王权。在外交谈判破裂之后，法王发兵于阿纳尼俘虏了教皇。法国要求宗座立刻退位，而卜尼法斯宁死不从，法军将领夏拉·科隆纳冒天下之大不韪，竟掌掴了教皇，此后更是将他囚禁三天，多次拷打，恣意侮辱——最终卜尼法斯在1303年10月11日伤重不治(一说含恨自尽)。腓力四世用暴力罢黜了一任教皇，不到两年后便推举出一位法籍教皇即位，即克雷芒五世。克雷芒五世不可能忘记卜尼法斯八世的前车之鉴，因此无法对法王持强硬立场。
从1307年圣殿骑士团遭到逮捕，至1314年大团长被送上火刑柱，间隔了整整7年。教皇也不止一次试图拯救圣殿骑士团，但法王因为债务问题寸步不让。但腓力四世不敢过分紧逼，也不想让卜尼法斯八世的悲剧重演。因为在北面有英格兰和佛兰德，南面是阿拉贡和西西里，都对法国虎视眈眈。双方反复谈判的结果，便是各让一步：教廷解散圣殿骑士团，免除法王的全部债务;法王保证医院骑士团的安全，并将圣殿骑士团在法国的地产转交于它。
圣殿骑士团的覆灭某种程度上算是教皇弃卒保车的结果。其实教廷对圣殿骑士也作出了内部调查，结果却认为他们虽然德行有亏，但未犯下严重的异端罪。然而这份报告被克雷芒五世按下不发。2001年，在梵蒂冈的秘密资料“希农羊皮纸”的一份拷贝中人们发现(2007年，梵蒂冈正式予以公开出版)，骑士团其实是被裁定为“可能悖德，未至异端”。且教宗克雷芒五世早在1308年就豁免了德·莫莱的“罪行”(文件定稿于1308年8月17日至20日)。但这份豁免，德·莫莱没有见到，他不知道，从内心深处，教宗克雷芒五世早已经豁免了他们，但即使这样，教皇受制于法王腓力四世也不敢在生前公布，他明知骑士团员的冤屈，但却坐视了他们的受刑和殉难，其中原因正是为了与法国之间的幕后交易。
由于圣殿骑士团的名声不佳，由于法国官方宣传机器的有意抹黑，他们的遭遇在法国民间并未得到太多同情。但欧洲其他国家的有识之士早就看出了其中的异样。大诗人但丁就曾在《神曲》中将腓力四世比作钉死耶稣的彼拉多：
“我看到那新的彼拉多是多么残酷无情，
他并不满足于这些罪行，而是未奉旨令，
便把贪婪的风帆扬进‘圣殿’之中。”
不过在唏嘘之余，应该看到，圣殿骑士团的厄运，对比稍后医院骑士团、条顿骑士团的兴旺，不是历史偶然的结果。总而言之，祸根在百年前就已经种下，圣殿骑士团糟糕的战略眼光，拙劣的危机公关和14世纪初特殊的国际形势共同造成了这一场悲剧。
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