1755年，清军兵分两路征讨准噶尔汗达瓦齐叛乱，战争进行的比较顺利，只用了4个月的时间就平定了叛乱。平叛期间，创造了清军作战史上的一个奇迹，阿玉锡等率22骑突袭达瓦齐叛军大营，直接导致叛军崩溃。
战后，立下大功的阿玉锡受到乾隆的嘉奖。战前投诚清朝的辉特部首领阿睦尔撒纳也因参与清军平叛，给清军带来了大量关于准噶尔部的情报，受到乾隆的奖励，被封为辉特汗、双亲王，拿双倍俸禄。但是双亲王、双倍工资也根本满足不了阿睦尔撒纳的野心，他投靠清廷不过是想借助清军的势力，打败政敌达瓦齐，从而使自己独霸厄鲁特，成为统领四部的大汗。
但是起初乾隆并不知道阿睦尔撒纳的野心有如此之大，所以平定达瓦齐以后，册封了厄鲁特四部的四位汗王，以为万事大吉只留下班第、鄂容安和萨喇尔等人，率领五百清军坐镇，大军就班师了。
阿睦尔撒纳，本是厄鲁特辉特部台吉，不过他还有另外一个身份，就是准噶尔汗策妄阿拉布坦外孙。他先是帮助达瓦齐夺取汗位，而后壮大自己的实力和达瓦齐分庭抗礼，结果在内讧中不敌对手，就率部投靠清廷。清朝平定达瓦齐叛乱，正好合了阿睦尔撒纳的意。
1755年，在清军大部队前脚刚走没两个月，阿睦尔撒纳就公开反清，袭击伊犁，清朝留下的守将班第、鄂容安兵败自杀，萨喇尔被俘。乾隆大怒，于第二年正月，派定西将军策楞和副将哈达哈率军进伊犁平叛。
大军兵分两路，西路军由策楞率领，从巴里坤出发，北路军由哈达哈率领，从乌里雅苏台(位于今蒙古国的扎布汗省)出发。玉保率西路先锋中了叛军缓兵之计，阿睦尔撒纳逃往哈萨克，清军得伊犁空城。
阿睦尔撒纳之所以逃亡，是因为乾隆在其反叛之初通过大封特封厄鲁特各部首领，使得叛军内部被分化。不少首领开始倒戈，攻击阿睦尔撒纳。再加上赶来的清军，摆在阿睦尔撒纳面前的只有死路一条，好汉不吃眼前亏，先溜再说。
策楞、玉保因贻误战机被撤职查办，达尔党阿接替策楞为定西将军，兆惠威副将进驻伊犁。和俄国暗中勾结的阿睦尔撒纳在冬天偷偷潜回塔尔巴哈台(今新疆塔城地区)，收集党羽、残部自立为汗，并向沙俄求援，条件就是永远臣服沙俄。兆惠在鄂垒扎拉图(今新疆乌苏西)大败叛军宰桑达什策零部。
1757年，为了彻底平定阿睦尔撒纳叛军，乾隆再次调集七千清军至巴里坤，定边将军成衮扎布、定边右副将军兆惠各领一军，兵分两路杀向伊犁。清军一路追击，阿睦尔撒纳不敌，再次逃往哈萨克。哈萨克汗阿布赉迫于清军的威势，欲擒阿睦尔撒纳献给清军，未能成功。阿睦尔撒纳逃往沙俄，但是过了两三个月就因得天花而病死在沙俄。
其实，1745年噶尔丹策零死后，准噶尔内部为争夺统治权内乱不止，已经有不少首领不堪忍受率众归附清朝。没有像噶尔丹、噶尔丹策零这种强力的人物，准噶尔已经不是铁板一块。在1755年准噶尔达瓦齐叛乱被平定前，准噶尔达什达瓦部宰桑萨喇尔1750年率众投清;1753 年杜尔伯特部首领策凌、策凌乌巴什、策凌孟克投清;1754年噶尔乌梁海库木降清。
照这样的节奏，即使乾隆不对达瓦齐、阿睦尔撒纳穷追猛打，假以时日准噶尔也会不攻自破。不过这样太慢了，乾隆等不起。1955年乾隆已经44岁了，也不知道还有多少年活头，而且一旦出现无能的子孙继承了皇位，清朝出现衰弱的迹象，准噶尔绝对不会错过入主中原的良机。
另外，在阿睦尔撒纳死之前，乾隆皇帝曾派使和沙俄交涉，让其交出叛首阿睦尔撒纳，但是被沙俄拒绝。沙俄本就和阿睦尔撒纳一直勾勾搭搭，其目的显然是觊觎我新疆地区的广袤土地。在沙俄看来，阿睦尔撒纳是非常有利用价值的，可以通过他来实现他们侵占新疆的目的，到手的肥鱼怎么可能交给清朝?
当时沙俄征忙于侵占中亚地区，一是腾不出手来，要不然早就有对新疆所行动了。何况在康熙时期沙俄就曾对我外东北地区进行殖民侵略，为此还和清朝于1685年-1686年打了两次雅克萨之战。和沙俄勾搭的噶尔丹乘机发动叛乱，迫使清朝为避免两线作战不得不和沙俄签订了《尼布楚条约》，暂时稳住沙俄。
乾隆是个有作为的帝王，对沙俄的野心非常清楚，为了大清江山社稷，必须以雷霆手段解决准噶尔的问题，若不赶快解决，等沙俄从中亚腾出手来掺和进来，想再要解决就更困难了。
好在阿睦尔撒纳得天花死了，沙俄顺水推舟将其尸体送还清朝。
至此，对清朝造成巨大威胁、困扰康熙、雍正、乾隆三位皇帝长达六十七年的准噶尔部，终于被彻底平定，而后乾隆就命人绘制新疆地区的详细地图，将之纳入帝国掌控之中。可以说，乾隆十大武功里，平定准噶尔具有深远的意义。
若不是乾隆反应迅速，以雷霆手段平定达瓦齐和阿睦尔撒纳等叛军，说不定新疆早已遭沙俄毒手。可惜的是晚清腐败无能，西域还是有大片领土被沙俄给侵占了。
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