1895年2月17日，在经历了半个月艰苦卓绝的保卫战之后，北洋海军的最后基地威海卫陷落，北洋海军全军覆没。此时的马吉芬则由于伤势过于严重，在中国简陋的条件下无法获得良好的医治和疗养，再加上海军败亡，失去了众多战友的他，在中国已然无所牵念，马吉芬在威海陷落不久后即返回美国。
1897年2月10日，马吉芬向护士要来了装有他一些资料和手稿的保险箱，然后支开了她们。 11日午夜两点钟，值班护士突然听见他的病房里传来了一声枪响，当她们冲到床前时，发现马吉芬半倚在床上，手中持着一把左轮手槍，右耳上两英寸处的弹孔汩汩向外流着鲜血……原来这把枪是隐藏在保险箱中的纸堆里。在他床头的案上，留着一纸遗书，上面写道：
“注意床单没有被子弹所引燃。在此致以我对大家的赞美和道别，并为左轮手槍之事对费尔普斯小姐表示歉意，这是所有枪都会导致的一条出路。永别了!……顺便提醒一句：我虽最终自裁但这并非是一次苦难逃亡。”
马吉芬为何突然选择自殺?美国方面历来的说法是他精神错乱，并难以忍受伤痛之苦，但真相究竟是什么?
1895年2月12日凌晨，北洋海军提督丁汝昌服毒自殺。
1895年2月13日，“镇远”号代理管带，马吉芬好友杨用霖以手槍自殺。
威海卫之战的失败，使北洋海军走到了全军覆没的边缘，忠勇的海军将领不愿投降日军，愤然自尽。马吉芬曾在他的文章中写道：
“其中如提督丁汝昌，我不能不向其深切沉痛追悼。他既是勇敢的武士，又是温和的绅士，他迫于滥命和强敌作战而一败涂地。及见大势已去，尽毕生最后的职责，为了麾下将士的生命而与敌签约。这是他自己的决定。他曾期望活着，但他知道祖国的不仁，对他的冷酷待遇将要超过不共戴天的敌国。在夜半孤灯之下，左思右想，饮鸩而逝。老英雄当时的感情究竟如何?”
或许，这个受伤的美国人也有同感。他被他吝惜金钱的祖国剥夺了他所渴望的服役机会，只好将他一生中最美好的时光和他的生命奉献给了另一面国旗下的人民。
正如他的墓志铭所言：“谨立此碑以纪念一位虽然深爱着自己的祖国，却把生命献给了另一面国旗的勇士。”
而此篇文章，也愿所有对中国有过帮助的国际战士们安息!
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