1799年，那尔巴图去世，王位传给了他的儿子爱里木伯克(AlimBeg)。1805年，爱里木伯克正式称汗，他在位期间(1799～1810年)，创建了一支主要由塔吉克高地人组成的雇佣军，他利用这支军队，对内进行统一战争，对外与布哈拉争夺位于两国边境上的一些重要城市。爱里木在位期间，致力于浩罕汗国的统一。继位初，地方割据势力强大，伊斯法拉、楚斯特特等城镇的统治者都蔑视汗的权威，甚至发展到以武力对抗的程度。爱里木采取强硬手段，将反对者一一铲除，很快统一费尔千纳。爱里木与布哈拉汗国之间，争夺乌拉秋别城和吉扎克城的战争持续了很久，爱里木对乌拉秋别进行了15次征讨。

　　乌拉秋别城主采取灵活的外交手段，时而投靠布哈拉汗国，时而投靠浩罕统治者，以保持自己的独立地位。爱里木还夺取了一些由地区统治者控制的北部要塞，如安格连谷地、奇姆肯特、赛拉姆等。爱里木汗最大的成功在于1808至1809年间吞并了塔什干。至此，他的领土比他刚继位时扩大了一倍。之后，哈萨克人起义反对浩罕统治，爱里木汗两次派弟弟爱玛尔伯克(Umar Beg)及其母舅率军前往镇压，他命令浩罕军队消灭所有遇到的哈萨克人，哈萨克人被迫投降。他统治时期，还征服阿姆河上游的达尔瓦兹地区，浩罕汗国的领土进一步扩大。到他统治末期，浩罕汗国的版图西北抵达锡尔河下游，东北侵占了清朝的大片领土，抵达伊塞克湖，南部抵达帕米尔高原。

　　1810年，塔什干传出爱里木汗被杀的谣言，他的弟弟爱玛尔伯克在浩罕城被扶上汗位。当时爱里木汗不在浩罕城，他得知这一背叛行为后，匆忙赶回浩罕城，途中在阿尔提·库什(Ali-Qush)附近被杀死。1811年2月，爱玛尔继位。爱玛尔是浩罕汗国历史上很有作为的统治者，在他和他的儿子玛达里统治时期，汗国出现了鼎盛局面，成为中亚的一个大国。爱玛尔的统治得到了浩罕汗国大封建主的支持，依靠他们的支持，建立起从中央到地方的一套完备的国家机构。他的统治基础是乌兹别克族明格部的贵族及以和卓家族为首的宗教上层人物，大封建主和宗教上层人物在国家政权中担当着重要职务。

　　爱玛尔汗时期(1811～1822年)，浩罕汗国兴建了一系列大型灌溉渠，同时在安集延西部建筑沙赫里汗城(Shahrikhan)，开凿了大运河纳赫尔·依·汗(Nahr--i Khan SayKara Darya)水引入沙赫里汗城，耗时3年建成新阿雷克渠，实现由锡尔河引水灌溉的目的。爱玛尔于1814年重新夺取突厥斯坦城(即雅西)和塔什干北部的一些小城镇，使浩罕汗国的领土得到扩展。汗国的疆域范围为:西北滨临咸海，包括锡尔河下游附近的哈萨克草原，东北与巴尔喀什湖以南的清王朝属地相邻，南达卡拉捷金山区。费尔干纳的城市生活达到相当高的水平，大城市有浩罕、安集延、纳曼干和马尔格兰。

　　1822年秋，爱玛尔病逝，其子玛达里(1822～1841年， MuhammadAli，汉语又译为迈买底里汗)继承汗位。玛达里继续其父亲的扩张政策，先后征服乌拉秋别、卡拉捷金、库拉伯(Kulab)和尔瓦兹诸城。玛达里时期，浩罕汗国脱离了与清王朝的藩属关系，开始干涉喀什噶尔的内政，支持该地的和卓后裔进行反清的叛乱活动，甚至出兵侵犯喀什噶尔。1826～1831年，玛达里汗对喀什噶尔进行远征，他统治后期，还唆使张格尔窜扰喀什噶尔。玛达里汗时期，浩罕汗国与布哈拉汗国之间的关系更加恶化。1841年，玛达里将汗位让给弟弟速檀·马木特(Sultan Mahmud)，布哈拉埃米尔纳斯鲁拉趁机进攻浩罕并于1842年4月夺取浩罕，处死玛达里和新汗马木特等人，任命布哈拉总督伊布拉依木(Ibrahim Dad khwah)统治浩罕汗国。

　　然而，浩罕人不愿服从布哈拉总督的统治，他们把布哈拉总督伊布拉依木赶走，立已故爱里木汗和爱玛尔汗的堂兄弟希尔·阿里(ShirAli，1842～1845在位)为汗，布哈拉埃米尔纳斯鲁拉对浩罕再次发动进攻，但是没有成功。希尔·阿里汗时期，浩罕汗国不仅面临着布哈拉埃米尔的威胁，还面临着俄国从北面入侵的威胁。希尔·阿里汗时期，实权掌握在乌兹别克族克普恰克部人手中，由于苛捐杂税繁重，各地人民纷纷起义。1845年，克普恰克部的千夫长(ming--bashiMusulman Qul前往镇压起义，已故爱里木汗之子木拉特汗(Murad)趁木素满库里不在都城的机会，处死希尔阿里汗，自称汗。

　　木素满库里镇压起义后，将自己的女儿嫁给希尔·阿里的儿子胡达雅尔(Khudayar)，然后以岳父的身份与胡达雅尔一起进军浩罕城，抓获并处死了木拉特汗，宣布胡达雅尔(当时还未成年)为汗，自己成为摄政王。在胡达雅尔统治的第一个时期(1845～1853年)，国家政权基本上掌握在木素满库里手中。1852年，胡达雅尔免去了专横的岳父的职务。1853年，俄军夺取了浩罕阿克麦切特要塞(Ak-Mechet-，aq-masji，或者说白清真寺)，俄国官员威尔雅米诺夫·哲尔诺夫(velyaminov- Zernov)秘密会见木素满库里。胡达雅尔在得知此事后，怀疑克普恰克人阴谋推翻他，于是，进行血腥大屠杀，包括木素满库里在内的两万多克普恰克人惨遭杀害。

　　1858年，胡达雅尔汗的兄弟迈里伯克(Malla Beg Malla Khanan)集结支军队，武装夺取了浩罕城，胡达雅尔逃往布哈拉汗国。克普恰克人首领木素满库里之子阿林沽开始了他的政治活动，对新汗迈里施加了重要的影响。然而，迈里汗的统治并不长久。1862年，迈里汗被杀，迈里汗之子沙木拉特被拥立为浩罕汗。1863年5月，逃亡布哈拉的胡达雅尔率领一支塔什干军队返回浩罕，恢复了汗位。然而，布哈拉军队撤走后1863年7月，沙木拉特又被扶上浩罕汗位，胡达雅尔再次逃往布哈拉。后来，胡达雅尔再次复位，直到俄国征服浩罕汗国前夕。胡达雅尔统治后期，对内实行暴虐统治，对外屈服于俄国，他不仅承认沙皇的最高权威，而且向俄国支付赔款。

　　1873～1874年，浩罕国内发生人民起义，胡达雅尔派军队进行残酷镇压，乌兹根城民曾要求俄国帮助他们反抗胡达雅尔汗。1875年，起义军立胡达雅尔之子纳斯鲁丁(Nasrud'ddn)为汗。这种混乱局面给俄国提供了机会。1876年，俄国征服了浩罕汗国。

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