袁崇焕在闹市被凌迟处死以后，百姓把他的肉都吃了，只剩下一幅血淋淋的骨头架子，这够惨的了。但是崇祯皇帝对袁崇焕的恨还没有完呢，接下来的就开始派人查抄袁崇焕的家，当时去查抄袁崇焕家的明军分成了两个部分，一队去广州，一队去宁远。后来两队查抄完一合计，袁崇焕的家里有一千多两白银，以袁崇焕的地位，这些钱也不算多。他们把这事报给了崇祯皇帝。崇祯皇帝批复继续在他老家的查抄，把农田全部变卖，人员全部处理。
而另外一队锦衣卫，带着皇上的圣旨到了山海关，这个时候山海关的督师是孙承宗，他虽然同情袁崇焕的下场，但是也没法抗拒圣旨，所以派人带着锦衣卫到了袁崇焕宁远的家里，锦衣卫把袁崇焕的小妾和三个孩子，还有十五个仆人都押送到北京，关押到了刑部。崇祯让户部和刑部一起对此案进行审理。而户部尚书是毕自在，他对袁崇焕还是有旧情的，因为他弟弟毕自肃在辽东巡抚任职期间，由于获罪而自杀，朝廷追责的时候，袁崇焕一直为毕自肃说好话，宣扬他的功绩并没有落井下石。
基于这一点，毕自在就想在能力允许的范围内，帮帮袁崇焕的家人，崇祯皇帝的意思是把袁崇焕的家人全部流放，而没有说流放到哪里。毕自在就在这上面做文章，批示把袁崇焕的小妾和三个孩子流放到浙江，浙江气候宜人，是非常适合居住的地方，这样袁崇焕的家人也不算太受苦。
但是好景不长，毕自在的这个处理方式，被人抓住把柄告到的崇祯那里，告毕自在枉顾国家的法纪对罪犯的家人予以照顾。崇祯皇帝就询问毕自在，而毕自在当时十分惊恐生怕被袁崇焕案子给牵连进去，为了自保就开始在那大骂袁崇焕，并且把流放浙江这件事推到别人身上，还建议把袁崇焕的家人流放的偏远的云南。
就这样袁崇焕的家人又从浙江被赶到了云南，而袁崇焕的弟弟被流放到了福建，一家人从此以后再也见不到面了。在崇祯八年的时候，山东巡抚余大臣因为过失也被下放到了广州，在那和袁崇焕的弟弟有过一面之缘，余大成当时把他所带着的袁崇焕以前的上奏皇帝的奏章副本都交给了他的弟弟。袁崇焕的弟弟拿到这些遗物后，痛哭流涕，两人告别后从此袁崇焕的弟弟下落不明，史书上也没有了记载。
最悲催的估计是袁崇焕小妾生的两位女孩了，当时流放的时候一个六岁，一个三岁，从千金小姐成为了罪犯的女儿，这个突然的落差太大，他们随着母亲辗转千里，到了云南的苦地，肯定是处处受人欺负，如果她们能熬过明朝的灭亡估计还好些，但是清军入关后，局势又十分动荡，是不是还能活着都很难说了。
在崇祯对袁崇焕一案审理上可以看出，崇祯恨不得将袁崇焕的家人赶绝，当时在北京关押期间，有一个袁崇焕以前的仆人逃跑了，崇祯知道后非常恼怒，严令各地追查这名仆人，一直追了数年才放弃。由此可见崇祯对袁崇焕恼怒到什么程度。
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