唐太宗李世民继位之后，开创了“贞观之治”的盛世局面，为了表彰当年的开国功臣，于贞观十七年建造了绘有二十四位功臣图像的凌烟阁。然而，有点让人出乎意料的是，战功赫赫的开国名将秦琼却排在了最末一位。这到底是怎么回事呢?这还得从头说起。
秦琼最初在隋朝为将，先后在隋将来护儿、张须陀、裴仁基等人帐下谋职，后随裴仁基投奔瓦岗军领袖李密。瓦岗败亡后转投王世充，最终才与程咬金等人一起投奔李唐。
秦琼到了李唐之后，追随李世民先后参加过剿灭宋金刚、王世充、窦建德、刘黑闼等恶战，每次战斗必定一马当先，冲锋在前，于千军万马之中取敌将首级如囊中探物，堪称一代战神。基于如此巨大的功劳，就算将他排在凌云阁之首，估计也不会有人感到意外。
然而，事实却是将他排在了凌烟阁的最后一位。做为一代明君的李世民，绝对不是不小心给排错了，而是有其深层次的原因的。
首先是因为秦琼的性格上的原因，秦琼是个非常豪爽而重义气的人，人称“小孟尝”。因为他的义气，让李世民非常地不放心。
早在当年李世民率军进攻瓦岗寨时，就把秦琼晾在一边，因为秦琼在瓦岗军首领李密帐下谋过职，李世民担心秦琼会因为江湖义气而坏了大事。结果瓦岗寨久攻不下。无奈之下，李世民只好请出秦琼，结果还真差点儿坏了大事。
当时李世民命秦琼立下军令状：现在是两军对阵，对他曾经的那几位兄弟绝对不能手下留情。
然而当秦琼真的抓到了李密、王伯当等人时，却心软了，打算放李密、王伯当等人一条生路。幸而尉迟恭赶了上来，来了一个快刀斩乱麻，杀光了李密、王伯当等一众逆贼。
其次是秦琼当初从王世充处出来时，投奔的可是李渊而不是李世民。当时的李渊对秦琼的器重程度，简直到了无以复加的地步。他在对秦琼的诏书里写着这样一句话：“你为我立下了如此大功，我就算将我的肉奖赏给你吃都不为过，赏赐你些奴婢美女又算得了什么呢。”
秦琼到了李唐之后，李渊才将他安排在李世民帐下谋职。所以在李世民看来，秦琼是李渊的人，他是李渊用来牵制自己的一颗棋子。
而且李渊曾赐给秦琼一把亢龙锏，可以上打昏君，下斩奸臣，更是让李世民对秦琼有所忌惮。
就是基于这些原因，李世民并没有让他参与当年的“玄武门之变”的行动。
而李世民为凌烟阁功臣排名的原则，就是把“玄武门之变”立下大功的功臣排在最前面，其次才轮到在那次兵变中保持中立的功臣，然后还得兼顾那些贵族圈里的那些大佬们的利益，把他们都排上号。因为在隋唐时期，门第之见是很严重的，朝中的话语权基本上掌握在关陇贵族和山东士族集团手中。作为寒门出身的秦琼来说，必然是这些贵族集团排挤的对象。
李世民建凌烟阁的目的，就是为了笼络人心，平衡各方的势力，同时也向众臣暗示：站队时不要站错，一旦站错，是多少会付出代价的。
所以，虽然秦琼的功劳很大，但是其重义气的性格不为李世民所喜欢，又没有参加“玄武门之变”这一行动，又不属于贵族圈子中的人，当然只能靠后排了。
不过，虽然他的功劳没有被李世民充分认可，但是在后世老百姓的心中，则是神一般的存在，他跟尉迟恭一起被封为门神，这也算是一种补偿吧。
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