义和团由山东、直隶一带的义和拳、民间秘密结社和练拳习武的组织发展而来。
组织结构
成员
义和团的成分极为复杂，既有贫苦农民、手工业者、城市贫民、小商贩和运输工人等下层人民，也有部分官军、富绅甚至王公贵族，后期也混杂进了不少流氓无赖，“上自王公卿相，下至娼优隶卒，几乎无人不团”使得义和团的组织极为松散，不利于集中力量打击敌人。
据陈贵宗《义和团的组织和宗旨》所说，义和团的组织大致分为：
1.坛，是义和团的基层单位，又称坛口，也有“厂”、“炉”、“团”、“公所”等称呼。首领一般称大师兄。
2.总坛，设天津“坎”字总坛。为坛的上一级单位。
3.门或团，为总坛的上一级单位。义和团按照八卦方位分为八门(团)，如“乾字门(团)”、“巽字门(团)”等。
4.义和团，是由所有义和团员共同组成的一个松散组织。
此外，义和团还有“红灯照”“蓝灯照”“黑灯照”(寡妇组成)花灯照(妓女组成)等妇女组织
义和团内部又可分为官团，私团与假团。
所谓官团是指接受清廷的招抚，向清政府挂号，接受清廷官员的统率，领取其粮饷。官团得到清政府的承认，听从其调遣。承认官团是清廷控制义和团的手段。
私团则大多系团民自发组织，带有很大的独立性。自行设坛或从事“灭洋”斗争。
假团则有其复杂性，一般说来，义和团是一个几乎人人可以加入的松散的组织，但实际上，有很多义和团组织被清政府以“伪团”，“假团”的名义镇压。“假团”分两种情况，一是不服从清政府的统治并对其构成威胁，因而被消灭，是其镇压和消灭义和团的借口。二是部分不良分子甚至教民假扮义和团横行不法，前者如“素不安分之徒，或投坛附和，或仿效装束，鱼肉良善。” (《天津一月记》)后者如“奉教者皆扮成假义和拳会，各处寻仇杀人，北京西城尤多”(《义和团运动史料丛编》)“直北一带，天主教民往往效拳匪服色，四出行劫。有被获者，自称义和团，则地方官即释之。”(《庚子记事》)。
首领
阎书勤(1860—1900)，冠县飞地梨园屯(今邢台市威县)人，领导了冠县起义。
赵三多(1841—1902)，领导过冠县起义，打出“扶清灭洋”的旗帜，义和团失败后参加景延宾起义而在此过程中殒命。
朱红灯(?—1899)，领导过平原起义，击败县令蒋楷，在森罗殿战斗中战败，后被捕处死。
林黑儿(?—1900?)，自称“黄莲圣母”，是红灯照的领导者，天津失陷后被俘，不知所终。
王立言(?—1899)，山东义和团主要首领之一，朱红灯死后在山东坚持战斗，后失败被杀。
倪赞清(1862—1902)，字翼臣，组织和指挥了著名的廊坊大捷。
曹福田(?—1901)，天津义和团首领。在老龙头火车站与八国联军激战。
张德成(1846—1900)，在独流镇创建“天下第一团”，后率部赴天津与联军战斗。
刘呈祥(1881—1900)，别号刘十九，1900年19岁时在天津西郊高家庄设乾字坛，后在天津打击八国联军，天津失陷后仍坚持战斗。
景廷宾(1861-1902)，直隶广宗人，1902年4月同赵三多等在巨鹿厦头寺领导起义，改旗号为“扫清灭洋”，7月失败被杀。
失败的根本原因：义和团运动的领导阶级是农民阶级，基本群众是农民和小手工业者，提不出切合实际的革命纲领。最初，他们是以“反清复明”为宗旨，屡遭清政府的镇压。在严重的民族危机面前，义和团把斗争的矛头直指帝国主义，提出了“扶清灭洋”的口号。由于农民阶级的局限性，没有先进阶级的领导，以慈禧太后为首的清政府，为了躲开义和团运动打击锋芒，被迫采取假宣战，真投降的欺骗手法，对外投降帝国主义，对内镇压义和团运动，使义和团处于内外夹攻的境地。 在国内外敌人的夹击下遭到了失败。
客观原因：清朝与国外联军剿杀。
主观原因：“扶清灭洋”中的“扶清”使义和团丧失了应有的警惕，盲目的排外。
纪律
义和团有自己的一套纪律，既有官方颁发的十条团规，也有自己独特的规定，如“毋贪财、毋好色、毋违父母命、毋犯朝廷法，杀洋人、灭赃官，行于市必俯首，不可左右顾，遇同道则合十”等。
这些戒规在初期得到了较好的遵守，当时有人的记载就说明了这个问题：“看其连日由各处所来团民不下数万，多似乡愚务农之人，既无为首之人调遣，又无锋利器械;且是自备资斧，所食不过小米饭玉米面而已。既不图名，又不为利，奋不顾身，置性命于战场，不约而同，万众一心;况只仇杀洋人与奉教之人，并不伤害良民;以此而论，似是仗义”(《庚子记事》)，有时义和团甚至担负起维持治安的责任，如“ 刻有聂军门(聂士成)所统之武卫军兵多人，皆持器械，向各处抢夺。经匪首曹福田拿获二十余人，皆杀死。”(《天津拳匪变乱纪事》)。
义和团运动后期，由于成员日益复杂，出现了许多违法乱纪的现象，但连后来的清政府上谕也不得不承认“……涞涿拳匪既焚堂毁路，亟派直隶练军弹压。乃该军所至，漫无纪律，戕虐良民，而拳匪专持仇教之说，不扰乡里，以致百姓皆畏兵而爱匪，匪势由此大炽，匪党亦愈聚愈多” 对义和团后期纪律败坏的记载：“城中日焚劫，火光连日夜……夙所不快者，即指为教民，全家皆尽，死者十数万人。其杀人则刀矛并下，肌体分裂，婴儿生未匝月者，亦杀之残酷无复人理”，“京师盛时，居人殆四百万。自拳匪暴军之乱，劫盗乘之，卤掠一空，无得免者。坊市萧条，狐狸昼出，向之摩肩击毂者，如行墟墓间矣。”“义和团之杀教民毛子也，京西天主堂坟地，悉遭发掘，若利玛窦，庞迪我，汤若望，南怀仁诸名公遗骨，无一免者。胜代及本朝御碑，皆为椎碎。保定属有张登者，多教民，
教案事件
同治元年(1862年)，江西巡抚沈葆祯为教案事曾派员到民间密访，问起民众为什么要与教士拼命，民众回答说：他们要夺我们本地公建的育婴堂，又要我们赔他许多银子，且叫从教的人来占我们的铺面田地，又说有兵船来扶制我们。我们让他一步，他总是进一步，以后总不能安生，如何不与他拼命?可见，教方妨害其生计的侵略活动，是迫使他们起来反抗的最直接原因。由于民受害最深，抗争也就最坚决。当查访者问及“教方真的有兵船来，难道你们真的与他打仗吗?”民众回答说：目下受从教的侵凌也是死，将来他从教的党羽多了，夺了城池也是死……横竖总是死。他不过是炮火厉害，我们都拚着死，看他一炮能打死几个人。只要打不完的，十个人杀他一个人，也都够了。
德国圣言会传教士安治泰说：“哪里有教民，哪里就发生词讼。”
备受教案困扰的曾国藩在奏折中写道：“凡教中犯案，教士不问是非，曲庇教民;领事亦不问是非，曲庇教士。遇有民教争斗，平民恒屈，教民恒胜。教民势焰愈横，平民愤郁愈甚。郁极必发，则聚众而群思一逞。”
张汝梅在处理完大刀会案件后指出，教民“一经入教，遂以教士为护符，凌轹乡党，欺侮平民，睚眦之仇辄寻报复。往往造言倾陷，或谓某人毁谤洋教，或指某人系大刀会匪，教士不察虚实，遂欲怵以兵威。不知教士之势愈张，则平民之愤愈甚”。
袁世凯尽管极端仇视义和团运动，然对于民教相争一节，仍不得不坦陈“东省民教积不相能，推究本源，实由地方州县各官，平时为传教洋人挟制……往往抑制良民……而教民转得借官吏之势力，肆其欺凌，良民上诉亦难伸理。积怨成仇，有由然也。”
1861年恭亲王奕䜣奏：“传教士每以民间琐事前来干预，致奉教与不奉教之人诉讼不休。……奉教者必因此倚恃教众，欺侮良民……为地方官者，又或以甫定和给，惟恐滋生事端，遂一切以迁就了事，则奉教之计愈得，而不奉教者之心愈不能甘。”
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