平定争乱之后，后白河天皇为了巩固皇权，于同年闰九月颁布了『保元新制』。其主题为宣扬王土思想，主要内容为"庄园整理令"。在鸟羽院政时期，全国又出现了许多新的庄园，围绕之各国的国务存在着许多纠纷。后白河天皇的想法非常直接，就是要将这些庄园、公领全都掌握在自己手中。为了筹划和运作新政，他给了自己的亲信信西很大的权力，让其负责此事。
藤原通宪，藤原南家的末裔，其正妻为高阶重仲之女，之后又娶了藤原兼永之女朝子，即纪伊局·后白河天皇的乳母。通宪是当时著名的学者，在出家后法名为信西。为了推进改革，他设置了记录所，其长官为上卿，由大纳言·三条公教担任;负责实务为弁官，其中右中弁为藤原惟人、左少弁·源雅赖，右少弁为藤原俊宪，同时他也是信西的嫡子;其下还有寄人二十一名，负责审查庄园领主提出了的文书，对本所间的争论作出裁决。
另一方面，信西着手复兴内里，并于保元二年(1157)十月对其进行重建。之后又颁布新制三十条，致力于公事、行式的整备和官员的纲纪整顿。在这个过程中，信西及其亲党都一同沾光，其中正妻所生的俊宪、贞宪都成为弁官，纪伊局所生的成宪、修宪分别受领远江、美浓，信西还将败死的藤原赖长的所领编入后院领，作为预所的经济来源。
平清盛的抬头和二条亲政派的攻势
为了推进国政改革，信西需要武士的支持，而他选择了在"保元之乱"立下战功的平清盛。平氏一门也被委以重任，其中清盛担任播磨守、赖盛为安艺守、教盛为淡路守、经盛为常陆介。他们在各自领国的作用不可忽视，为了整理各国的庄园，取缔庄官和民夫，管理神社和僧人，维持在战乱中荒废了的京都的治安，平氏的武力也不可缺少。其中信西还曾任命平基盛为大和守，以压制兴福寺，遭到其强烈反抗。清盛的行事就比较圆滑，他承认寺院势力的特权，采取怀柔的手法打消了其不满情绪。
另外，清盛在担任大宰大贰时期，曾十分重视日宋贸易，提高了一族的经济实力。信西为了与之更好的合作，还让其子成宪与清盛之女(之后的花山院兼雅室)成婚。
同时，另一个派系的势力也在崛起，他们被称为"二条亲政派"。二条天皇名守仁，是后白河天皇的长子。"保元之乱"之后，他也不过是个十多岁的孩子，但他身后有个强大的后盾，就是其养母·美福门院。美福门院原名藤原得子，是鸟羽上皇的皇后。他继承鸟羽上皇的大半庄园，几乎成为了当时最大的庄园领主，其心愿就是守仁能够即位亲政。
在美福门院的强大压力之下，保元三年(1158)八月，「佛与佛的评定」(『兵范记』)达成，藤原信西与美福门院协定后白河天皇隐退，让位给守仁亲王，是为二条天皇。由此，后白河院政派与二条亲政派开始对立。
亲政派的核心人物是藤原経宗(二条天皇的叔父)与藤原惟方(二条天皇的乳兄弟)，背后是美福门院。后白河此时已经变为上皇，他意识到只靠信西是不够的，必须提拔更多的近臣来维护自己的地位。
藤原信赖登场和反信西派的形成
后白河选中的人是武藏守·藤原信赖。保元二年(1157)三月信赖迁为右近卫权中将，十月藏人头·右近卫权中将，翌年二月晋升正四位上·皇后宫权亮，之后正三位·参议，八月权中纳言，十月检非违使别当，天皇退位后又担任院别当，其窜升速度堪比乘坐火箭。同时据说他长的比较"帅"，深受后白河喜爱，加上这一层，两者的关系实在是不"一般"。
藤原信赖的知行国在武藏、陆奥，与源义朝的关系比较密切。有人可能才想到，源义朝也在"保元之乱"中为后白河立下功劳，源义朝本人也很郁闷，战乱后他虽被晋升为左马头，但与平清盛的播磨守的油水自然不能相比。上次他宁肯与自己的父亲对立，可以说是作出了巨大的牺牲，却混到这个地步。看着蒸蒸日上的平氏，自己岂不是源氏的罪人，自然会心理不平衡。他也在想，平清盛靠着是与信西的关系，而自己也可以凭借上升势头明显藤原信赖。
久寿二年(1155)八月，义朝的长子源义平进攻同族义贤的武藏国大藏馆之战中，可能信赖就曾对其进行支援。保原三年(1158)八月，后白开设河院厅，信赖就任管理院厅军马的马别当，义朝时任左马头，两者的同盟关系被进一步增强。
而信赖也不是省油的灯，为了管理各地的庄园，他要依靠义朝的武力。同时还让自己的妹妹和摄关家的嫡子·基实结亲，拉拢摄关家。其间，后白河的近臣藤原成亲(藤原家成的三子)和也加入其阵容。
同时他的崛起引起了信西的警觉，两者作为后白河院政派的中流砥柱，却走向了互相敌对，作为深层的原因，他们所依仗的武士集团也有这种利益冲突。『平治物语』中，信赖曾希望就任近卫大将，却遭到了信西的强烈反对。此事真伪难辩，但两者的矛盾已经逐渐显露出来，至少信赖已经成为了信西新政的绊脚石。同时，二条亲政派与信西敌对，也想乘机除掉他。而信西的盟友平清盛此时却态度暧昧，他把女儿(后藤原隆房室)嫁给信赖的嫡子信亲，仿佛是宣布了中立一般。平治元年(1159)十二月四日，清盛及其嫡子重盛将前往熊野进行参拜，反信西派的机会来了。
夜袭三条殿
十二月九日深夜， 藤原信赖和源义朝的军势袭击了院御所·三条殿。同时他们控制了后白河上皇和上西门院(后白河的同母姐姐)，并在三条殿放火，还向四处逃散的人群射箭。担任警备的大江家仲和平康忠战死，一般官人和女官也死伤甚多，信西本人则幸运的逃脱。
信赖和源义朝准备将上皇和上西门院软禁到内里的一本御书所，义朝还派出一族的源重成、源光基、源季实负责护送其车驾。与此同时，源光基是美福门院的家人·源光保的外甥，义朝以其联络二条亲政派，取得了其支持，这样负责京都治安的检非违使别当·藤原惟方就站在信赖和义朝一方。翌日，信西之子俊宪、贞宪、成宪、修宪全部被捕，都被处以流刑。信西一路逃到山城国原野之中，但仍然没有摆脱源光保的追击，于田地中自杀，其首级被光保取下，于京都示众。
在处理掉信西之后，控制了二条天皇和上皇的信赖、义朝从名义上控制上朝廷。接着就是一大票的封赏，源义朝成为了播磨守，其子·赖朝为右兵卫权佐，其余人中，佐渡式部大辅重成为信浓守，多田藏人大夫赖宪为摄津守，兼经为左卫门尉，康忠为右卫门尉，足立四郎远元为右马允，镰田次郎正清为兵卫尉，镰田政家改名为正家、受封上总。『平治物语』中，信赖还终于如愿当上了近卫大将，但在『愚管抄』中并无此记载。但信赖、义朝的独断专横却引起了许多贵族的反感，这次政变中流了太多的血。据说当时的公卿藤原伊通曾讽刺道「如果杀死许多人就可以得到官职，为何对三条殿的水井没有份」。这是因为在信赖等人进攻三条殿时，许多女官都曾投井自杀。而二条天皇也感觉到信赖、义朝并不可靠，密谋寻找离反的机会。同时，自东方国家带兵前来的"恶源太"义平主张立刻出阵阿倍野，阻断平清盛回京之路，而信赖却认为清盛与他是姻亲，反倒可以拉拢其入伙，于是没有听从其建议。
二条天皇行幸六波罗
另一方面，纪伊国平清盛听说了京都发生政变的消息，于是考虑前往九州。但在纪伊的武士汤浅宗重和熊野别当·湛快的劝说下，他于十七日返京，途中又汇集了伊藤景纲、馆贞保等伊贺、伊势的家臣。而源义朝自然不希望他回来，秘密纠集兵力，准备交战。
而且信赖的地位也并不稳固，亲信西派的内大臣·三条公教不满其举动，转尔与二条亲政派的経宗、惟方接触。二条亲政派的经宗和惟方商议，准备让二条天皇行幸六波罗，并让藤原尹明(信西的堂侄·惟方的内兄弟)带着密令进入内里，通报天皇。二十五日清晨，清盛向信赖提交名簿，出表现恭顺之意，并送回了其婿信亲，信赖看到后大喜，而源义朝却担心了起来。
二十五日夜，惟人拜访了后白河上皇，告知其二条天皇准备移驾的计划，上皇就先逃到了仁和寺了(『愚管抄』)。此时上皇态度不是很明朗，按理说信赖和义朝都属于院政派，但可能信西的遭遇让其胆寒，转为信任平清盛了。二十六日丑时(凌晨二点)，大宫二条发生火灾，估计是有人纵火。趁着混乱之际，藤原尹明用女房车将二条天皇载出内里，进入了六波罗的清盛官邸。之后，惟方的弟弟藤原成赖四处传达此事，上皇、女院、公卿、诸大夫都陆续奔赴六波罗，其中与信赖结亲的摄关家的忠通、基实父子也都在其中。有了天皇、上皇等人的支持，清盛立即着手汇集官军，准备讨伐信赖和源义朝。
二十六日早朝，信赖才得知天皇和上皇都已经出逃的消息。义朝痛骂了信赖为「日本第一的不觉人」，斥责其行事大意、反应迟缓。但为时已晚。
信赖、义朝一党的惨败
义朝一侧的部队为:参加袭击三条殿源重成、源光基、源季实;追讨信西的源光保;子义平、朝长、赖朝、叔父·义隆、信浓源氏·平贺义信一族及镰田正家、后藤实基、佐佐木秀义等人。义朝势力基础在关东，三浦义澄、上总介广常、山内首藤氏也都参战，其中三浦义澄是源义平的伯父，上总介广常是义朝所拥立的上总氏之子，山内首藤氏则源氏谱代的家臣，他们都是与义朝关系不错的武士。但由于此前是秘密行动，所以其仓促之间所汇集兵力不是很多。
与之对应，平清盛与派其子左卫门佐·重盛和弟弟三河守·赖盛率领一门已抢先出阵，大军渡过加茂川，兵分三路进攻阳明、待贤、郁芳三门。在『平治物语』中，有重盛和源义平在待贤门"一骑打"，两人都是当时著名的年轻勇将。义平曾于御所右近之橘、左近之樱间七、八度追赶重盛，之后，终于在郁芳门，平赖盛用平氏重代的名刀"抜丸"才勉强将其击退。
事实上，战斗开始后，双方的态势便已分出高下，义朝仅有八百骑，而清盛的全军有三千骑之多。负责警卫阳明门源光保、光基看到形势不利，便倒向了平氏，源光保一直和二条亲政派走的很近，此举也在情理之中。义朝等人虽奋力死战，但怎奈军心涣散，最终在三条河原被击溃，在家臣山内首藤俊通、片桐景重的拼死冲突下，其本人才逃出战场。
看到义朝兵败，藤原信赖、成亲知道将难免被处罚，并向上皇求助。但清盛怎么可能放过他，作为谋杀信西、袭击三条殿的主谋，信赖被处以了死刑，成亲因为是重盛妻子的哥哥而保住了性命。另外源师保也被从轻发落，他曾把神镜献给六波罗方，所以只处以流刑下野。
另一方面，义朝率领长男义平、次男朝长、三男赖朝、一族的义隆(陆奥六郎)、义信(平贺义信)、重成(佐渡)、家臣镰田正清、斋藤实盛、涉谷金王丸等党羽准备逃向东国。但途中遭到野武士的袭击，朝长、义隆、重成身亡，年少的赖朝失散，义平则逃到了飞騨。
十二月二十九日，抵达尾张之后，义朝住到其家来尾张内海庄司·长田忠致宅邸中。但长田一族却起了异心，谋杀了义朝，义朝的乳兄弟镰田正清也一同遇害。之后二人的首级被送到了六波罗，于永历元年(1160)元月九日在京都狱门示众。义平也曾潜会京都试图刺杀平清盛，但在十八日被难波经房的家臣·橘俊纲捕获，于二十一日在六条河原被处刑。三男赖朝也被平赖盛的家臣·平宗清捉住，于二月九日被送到京都，经平清盛的继母池禅尼求情，最终被判流放到伊豆国的蛭岛。究其原因，可能是赖朝曾为上西门院的藏人，而上西门院曾向池禅尼求助。另一方面，与义朝在一起行动的源季实等人也被消灭，参与政变的人几乎全军覆没。
渔翁得利的平清盛
战乱结束后，平清盛深得朝廷器重。在同年十二月二十九日的论功行赏中，平氏一门的领地又增加了至少五国以上，清盛叙正三位，重盛为伊予守、赖盛由三河守转为尾张守、宗盛为远江守、教盛为越中守、经盛为伊贺守、伊藤武者景纲为伊势守。当天，二条天皇与美福门院行幸八条，清盛还负责警护。
在上次战乱中，二条亲政派的实力尚在，永历元年(1160)，他们又让原近卫天皇的皇后的藤原多子入内，是一场为稳固天皇地位的政治婚姻。此时，失势的后白河也不甘寂寞，他转为想依靠平清盛而试图卷土重来。其首先要打击的就是二条亲政派中，此时已经是权大纳言的经宗和参议·惟方。永历二年(1161)一月六日，上皇御幸八条堀川边的藤原显长宅邸，要求平清盛处理経宗、惟方。二月二十日日，清盛的家臣将二人拘捕，并对其严刑拷问。他们都出身高贵，按惯例是免除刑拷，由此看出对上皇对二人是何等的憎恶。
二月二十二日，流落在外的信西之子被容许返京，三月十一日，経宗被流放到阿波，惟方流放长门，二人的罪名是曾参与谋害信西的。同日，师仲、赖朝、希义(赖朝的同母弟)也分别被流放。六月，取下信西首级的源光保及其子光宗因密谋造反而被流放萨摩，同月十四日被杀害。这样，参与打倒信西的人，不论后白河院政派还是二条亲政派都被从政界扫除了。同时，早在前一年的十一月，二条天皇的靠山美福门院就已经去世了。
自此，上皇和二条天皇的对立的状态因各自有力的廷臣都已倒台而变得好转，二头政治仍被延续。不过，平定战乱的最大的贡献者平清盛是最大得利者。战乱之前，虽然他与信西关系密切，但却又和与其敌对的信赖结亲，将自己立于不败之地。之后，他又依旧巧妙谨慎的利用与两派的关系，借此扩充家族的实力。之后，平氏一门担当了院厅别当、左马寮、内藏寮等要职，增强了对朝政的影响，其郎党、派系的知行国也进一步加增，有平家贞为筑后守、藤原能盛为壹岐守和安艺守，源为长为纪伊守等等。
同时许多武士家族在战乱中被淘汰，形成了一定的权力真空。所以京都的治安维持、地方叛乱的镇压、庄园的管理等工作都被平氏独占，他们以此掌握了各国的军权和警备权。清盛以强大的经济、军事实力做为背景，确立身位武士门第的平氏在朝廷的的地位。早在永历元年(1160)，平清盛就已升任参议，以武士出身来担当公卿(议政官)，此举还是首次。之后，平氏一门中公卿、殿上人辈出，在朝中盛极一时。
自"保元之乱"起，武士阶层已经名目张胆的参与到皇室纠纷之中，他们所扮演的角色也越来越重要。"平治之乱"也是，名义上是信赖和信西的矛盾，而实质上，是各自背后的武士起了关键的作用，即源义朝与平清盛之间的利益冲突。
"平治之乱"中，白河院政派与二条亲政派的公家都遭受了打击，天皇和上皇的实力都因此被削弱，而出身武士平氏的地位却扶摇直上。但平清盛却没有完全抛离公家，而建立独立的武家政权。这还需要再有一次争乱和变革，能与平氏相抗衡的就是源氏。十三岁的源赖朝在蛭岛时刻不忘父兄之仇;源义朝之妾·常盘(『平治物语』中为常叶)忍辱偷生，换回了几个孩子的性命，其中就包括那位当时年仅一岁的牛若丸。战争的火种没有被熄灭，也可以说，"平治之乱"是揭开了将来"源平合战"的序幕。
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