万历登极之初，就以他高贵的仪表给了臣僚们深刻的印象。他的声音发自丹田，深沉有力，并有余音袅袅。虽然他只有九岁，但从各种迹象看来，他确实是一个早熟的君主。他自己说过他在五岁时就能够读书，按中国旧时的计算方法，那时他的实足年龄仅在三岁至四岁之间。
万历和他的母亲对张居正有特殊的尊重，并称之为“元辅张先生”。除了首揆以外，张居正又兼管万历的教育事务。小皇帝的五个主讲经史的老师、两个教书法的老师和一个侍读，都是他一手任命的。他还编订了讲章作为万历的教科书，有机会还亲自讲授。
1572年秋天以后也就是在万历八岁的时候，他每天的功课有三项内容：经书、书法、历史。学习完经书以后，授课老师可以到休息室小憩，但皇帝本人却并不能那么清闲，因为他还有其它课程要上。其实就我们现在教育来看，八岁上学已经比较晚了，但他的压力还是挺大的(背后有个严格的老师)。
万历他的书法课特别好写的一手好字，他还经常写些字赐给太监们，万历看到太监们都交口称赞，心理也美滋滋的，可这件事被张居正发现了，于是他取消了万历唯一的喜欢课程。
又有一次万历夜游西城，贴身侍应太监孙海为其找来两位年轻貌美的宫女陪酒。喝得半醉时，万历皇帝要这两位宫女唱时令新曲。所谓时令新曲，类似于今天的流行歌曲，但明代坊间的曲子，语颇轻佻，与时下东北民间的二人转，庶几近之。两位宫女说不会唱，孙海在一旁怂恿，宫女仍坚持不唱，万历皇帝因此大怒，喝令推出斩首。经孙海提醒，万历皇帝这才醒悟杀人不是好玩的事情，于是改为削发代替斩首。这件事传到太后那里了，这下可就不不得了，她跑到奉先殿祭告亡夫，竟然作出撤销万历皇帝的九五至尊地位的决定，改让潞王继承皇位。这下万历吓得不轻，但在众人的劝说下平息了这件事，并由张居正写了一道劝诫皇上“慎起居”的奏疏。
这次事件，可看做是朱翊钧与张居正这一对君臣关系的转折点。此前，朱翊钧对张居正深为倚赖，信任有加;此后，他对张居正除了敬畏，更在内心中潜藏了一份不满。
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