季芝昌是清代江阴科举中唯一的探花。他在道光后期、咸丰初年因整吏治、除积弊、尚清廉、持正不阿，官至军机大臣、左都御史、闽浙总督，是文武兼备、有惠政于民的重臣。
季芝昌，字仙九，清乾隆五十六年(1791年)生于江阴青阳季家厍(厍：音she，指村名)的书香门第。父亲季麟拔贡出生，经朝考合格任直隶巨鹿知县，为官慈惠，在嘉庆十八年(1813年)奉檄按名捕白莲教支派天理教徒，他发现大多数参加者实际是食不果腹、衣不蔽体的穷苦农民，决意网开一路，将簿册焚烧，使数千人免受株连。结果，季麟以“坐捕不力”被弹劾摘去顶戴，发配新疆伊犁充军，百姓乞留不得，一年多后死于戍边。这年季芝昌22岁，是个秀才，虽然才思敏捷，饱读经书，但因受父亲获罪的牵连，不能参加乡试，只得在巨鹿坐馆教书，忧患度日。直到嘉庆帝去世，道光帝登基，季芝昌才得以获试恩科，在道光元年(1821年)31岁时考中举人。经保荐任京师国子监学官，先当学录，再做助教。道光十二年(1832年)春，41岁的季芝昌在京参加会试，因策论精辟，文茂气畅，被道光帝定为进士一甲第三人，获得“三鼎甲”之列的“探花”殊荣，授为翰林院编修。
按清制，凡翰林出身之官，包括詹事府少詹事以下，翰林院侍讲学士以下，大致六年一次须全部在太和殿参加统考，名为大考，优奖劣罚。道光十三年，季芝昌逢上大考，得一等，名列第三，升为侍读，出任提督山东学政。道光十七年，被选入宫担任记录皇帝言行的日讲起居注官。十八年，季芝昌以侍读衔充任会试同考官，对考生试卷评分公正，录取了很多有识之士，曾国藩、田雨公、钱振伦、万青黎等俱出其门下。十九年，季芝昌又参加大考获一等，复列第三，升为詹事府少詹事。他具折入谢，道光帝召见，面谕道：“汝卷本是第一，朕不知何移置第三，然第一不若第三巧合上次名数。”因而大笑。意指三次在朝中考试均得第三，也应季芝昌的字号仙九的“九”。尚书纪恩有诗称：“九重知己温言逮，三度同符盛事传。”自此道光帝对季芝昌的眷顾日深，升他为三品官的詹事，担任江西乡试主考。次年，以礼部侍郎提督浙江学政。后因母病故回乡服丧。期满，升内阁学士。二十三年，季芝昌充任阅卷大臣，并授吏部右侍郎(正二品)、提督安徽学政，次年转为吏部左侍郎，并兼武英殿副总裁及为皇帝进讲书史的经筵讲官。
道光二十九年，季昌芝奉旨和大学士耆英赴浙江阅兵并清查仓库、筹备盐务。途经山东、江苏时，沿河查询节制浮费，沿途了解官府额外费用征缴减免情况和裁减冗员事宜。耆英年老有病留在清江浦，季芝昌以钦差主官身份独赴浙江。他巡阅海关炮台，查察州县仓库，统计全省实亏空之数多至390余万两，特上奏题本，请朝廷将亏数最多的官员革职并强制退赔，不足之数则由原任上司按比例退赔或由本省各官分成提补;对任意挪用及亏缺的经办书吏尤应严加追补，所亏银额务必追回，就是用家产做抵押，也决不能让其侥幸逃避。他在查办两浙盐务中兴利除弊，拟订变通浙江盐务章程，都被道光所采纳。
季芝昌因在奉旨查办长芦、两浙盐务中，体察周祥，办事果敢，执法甚严，道光帝对此深感满意，当即提升他为山西巡抚。未满一月又被召回京，道光帝特命季芝昌以吏部右侍郎兼军机大臣，入值内廷大政所出的宰辅之区——军机处，秉承皇帝旨意参与处理军国要务、官员任免和一切重要奏章。年底，他的吏部右侍郎一职转为户部左侍郎。三十年春，69岁的道光帝病危，军机大臣季芝昌等同受顾命，辅持咸丰帝接位。他兼充实录馆总裁，修撰《宣宗成皇帝实录》，即道光朝的编年大事记。五月间，升为从一品的都察院左都御史，赐紫禁城骑马，职掌考核文武百官，整饬国家纲纪。
咸丰元年(1851年)五月，季芝昌奉命以兵部尚书衔出任闽浙总督，首先，处理日益猖獗的海盗。他督师分头截击从浙东流窜福建的海盗团伙，盗匪畏罪投诚，季芝昌奏准将确有从善表现的骨干布兴有等人分配到各营戴罪立功，并妥善安置一般人员，普查当地船户、棚户。他恩威并施，使浙江沿海一度越剿越反抗，已成蔓延之势的乱象得以平息。咸丰帝认为季芝昌办事恰到好处，加授他为福建将军，赏戴花领，将闽浙兵师由他相机调用。季芝昌还针对“户部请推广捐钱获举人、附生”一事，与福建巡抚王懿德联合上奏：“读书应试要按国家需要而定额，严格录取科名才能受到足够重视，无才能的人不能混入其中。而一旦扩大捐钱获科名的先例，则朝中减少良才且使学业荒疏者心存侥幸冒进，却伤了贤士上进之心，对国家官吏治理有害无利，对朝廷求贤也是损失。”季芝昌对于捐钱获科名的利害，分析得十分深刻。咸丰三年，季芝昌鉴于鸦片战争中英军多次入侵台湾，特专门任命徐宗干绥靖台湾，加固防御工事。在安抚原居民的同时，将嘉义竖旗滋事的首要头领擒获。与此同时，他密保叶绍春办理洋务，并断然拒绝英人以在乌石山下开设医馆为名指染福建沿海。还上奏革除盐政弊端，杜绝不法官员从中渔利。季芝昌作为封疆大吏，廉政勤政，凡有关国计民生的事，知无不为，为无不尽，受到闽浙士人的称颂。
咸丰三年，季芝昌因在任上操劳过度得病，咸丰帝下诏书准许他回籍调理。此年，太平军攻占南京，他在家乡训练团练。于咸丰十年(1860年)去世，享年70岁。同治四年葬于江阴长山高台。光绪二年，时任闽浙总督的文煜根据民意陈奏季芝昌在闽浙的种种善政，光绪帝特赐季芝昌谥号“文敏”，追赠太子太保，入祀贤良祠。著有《丹魁堂全集》7卷和《诗赋合钞》、《感遇录》等。
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