田中义成、今谷明等学者认为足利义满有篡夺皇位的企图;而受到此说法的影响，作家海音寺潮五郎、井泽元彦等人认为义满是由于皇室为了阻止其篡位而被暗杀的。
日本从平安时代到室町时代期间，曾长期流传着一首名叫《野马台诗》的预言诗。相传这首诗是由中国南朝梁时期的高僧宝志禅师所作，后来由遣唐使吉备真备带到日本。该诗的内容为：
东海姬氏国，百世代天工。右司为辅翼，衡主建元功。初兴治法事，终成祭祖宗。本枝周天壤，君臣定始终。谷填田孙走，鱼脍生羽翔。葛后干戈动，中微子孙昌。白龙游失水，窘急寄故城。黄鸡代人食，黑鼠喰牛肠。丹水流尽后，天命在三公。百王流毕竭，猿犬称英雄。星流飞野外，钟鼓喧国中。青丘与赤土，茫茫遂为空。
这首预言诗预言日本天皇之位传到第100代时将会灭亡，猿、犬扰乱天下，这就是著名的“百王说”。后圆融天皇系当时官方认定的第100代天皇;关东的镰仓公方足利氏满生肖属猴，足利义满自己生肖属犬，因此义满曾怀疑自己和足利氏满将取代天皇的天下，并且就此“百王说”这一问题咨询了坊城俊任、吉田兼敦，得到的答案是“百是众多的意思”。
虽然这首预言诗如今被认定为伪作，但根据相关史料的记载，足利义满可能真的有篡位的意图。足利义满在很早的时候就将自己的花押分为武家用和公家用两种，其继室日野康子被后小松天皇封为准母(地位相当于天皇的母亲)，像皇族女性一样被授予了“北山院”的院号。朝廷的祭祀权、人事任命权悉归足利义满管辖，义满入宫觐见以及出外参拜寺社时使用与上皇同等的待遇。
1408年(应永15年)3月，后小松天皇临幸义满的居所北山第时，足利义满所坐的榻榻米是当时只有天皇和上皇才能使用的繧繝绿图案。4月，义满的次子义嗣在宫中元服时享受了亲王的待遇。由此可见，足利义满有篡夺皇位的野心，而接受明朝所授予的“日本国王”封号，则是试图假借明朝为外援，也是篡位计划的一个环节。足利义满计划胁迫后小松天皇禅位，让爱子足利义嗣继任天皇之位，自己则以治天之君的身份统治日本。但是，当时公卿的日记中没有找到足利义满排挤篡位计划的最大障碍——皇太子躬仁亲王的相关记录。
由于足利义满的权力已经完全凌驾于天皇之上，天皇成为了傀儡;而且义满又有篡位的意图，因此朝廷决定将其铲除，派人下毒把义满毒死。井泽元彦认为暗杀者很有可能是义满所亲近的人物世阿弥和二条良基。此外，也有可能是当时的幕府将军足利义持，因为义满宠爱义持的弟弟足利义嗣，这使义持的地位受到威胁，感到非常不安。
然而当时公卿的日记中根本没有发现义满是被暗杀的相关记载，因此暗杀说没有直接证据。而井泽元彦认为，朝廷之所以在足利义满死后追赠其“太上天皇”的称号，是为了镇抚被暗杀的义满的怨灵。
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