权倾天下，连将军都敢一手推倒的一代“怪杰”细川政元在一夜之间遭遇毒手身亡。为什么政元最后会落得这个惨剧般的下场呢?问题还是出在他的养子政策虽然面面俱到，而且十分浩大，但不代表就一定广受支持。
首先，他手下的家臣们对这个蓝图不以为然，特别是细川政元的家臣们为了自己家族今后的利益打算，都分别支持了细川澄之及细川澄元，而另一个养子细川高国在当时还未成气候，无人问津。
事实上，自从政元通过政变推倒足利义稙，完全掌控幕府政治后，他的家臣比起政元自己更早更快地骄纵起来。上述的赤泽朝经和上原元秀一方面得到政元的宠信，另一方面又利用政元的威势，在畿内各地强抢物资、侵夺土地，使得细川政元十分苦恼。
另外，家臣之间为了各自的利益，都严防对方扶摇直上，对于政元刻意提拔任何一方，其他对立的家臣都不愿轻易支持，这也使政元在如何管理庞大而又利益交错的家臣团上，感到十分烦闷。后来，当政元收养养子后，家臣们因为不能确认向来我行我素、不顾他人的政元会在什么时候又有新花样，打乱自己的部署，于是索性反客为主，抢先把政元赶下台来自保。
最先发难的是澄元派的药师寺元一，但是他在永正元年(一五零四)发动的谋反很快便告失败，与事件脱离不了关系的澄元虽然因为生家实力雄厚，并没有被追究责任，但这次谋反失败后，他的地位也受到了打击。
与此同时，谋反事件一出，另一方的澄之派也蠢蠢欲动，支持澄之的香公元长及药师寺长忠(元一之弟)起来发难，终于成功彻底除去了碍事的主君，并迫使对手澄元党逃出京都。就这样，大胆废立将军，制造幕府分裂的管领细川政元终究以自己的生命亲尝被家臣出卖背叛的滋味。然而，他却没有足利义稙那样幸运，获得翻盘再来的机会。更有甚者，管领细川家一向以一族团结和谐著称，傲视各个饱受同族内讧困扰的武士领主，在细川政元被杀身亡后也终究陷入了分裂。原本在政元主导下又稍为恢复稳定的中央局势，再一次陷入混乱。
眼见京畿一带将再次陷入战火之中，京都上下人心惶惶，逃亡避难者络绎不绝。犯上杀父大罪的澄之派还没来得及要求将军义澄任命澄之为新管领，一直韬光养晦的细川高国便已站了出来为养父报仇。同年八月，高国连同其他细川家分家的军队攻灭了澄之及其主要党羽，澄之派被完全消灭。
杀父之仇虽报，但接下来便是立功的高国与原本更有机会继位的澄元争夺利益的局面。澄元眼见澄之派被高国领兵攻灭后，首先入京要求将军义澄承认自己是新的管领，抢占政治高地，但早被抢占先机的澄元在士气高涨的高国军面前，还是只能败走逃亡。他跟重臣三好之长等人一起逃回四国阿波的老巢，等待东山再起的机会，不过这一等却是十多年的事。
高国确定掌握京都以及幕府的控制权后，为了与澄元一刀两断，决定恭迎身在周防国山口的前将军义稙回京复位。于是，义稙在实力财力雄霸一方的大内义兴的大军护卫下，浩浩荡荡沿着濑户内海上京。
听到这个消息的义澄手上无兵可用，只好与近臣逃到近江国甲贺郡避难，等待机会再图复位。四月，义稙及义兴到达和泉国堺港(今.大阪府堺市)。七月一日义稙再次被朝廷任命为征夷大将军，高国则被义稙任命为管领(义兴为副管领)，正式成为政元的后继人。
不过，高国一展身手之前还得再接受考验。永正六年(一五零九)六月，潜伏在近江的澄元派在三好之长带领下试图反击，但被高国及义兴派出的联军大败。同时他们又派出刺客，图谋暗杀义稙，也以失败告终。怒不可遏的义稙想反过来作出回应，但同样无功而返。
到了永正八年(一五一一)，这次义澄和澄元方终于来一次准备十足的反击。两方连同原本嫉妒高国的两个细川氏分家──细川政贤及细川尚春于七月一起围攻京都。但是，由于义澄方的兵力始终没有高国、义兴来得多，在八月末爆发的船冈山之战中大败，战死者近四千人。受到大败的打击，将军义澄一病不起，最终病死在近江国冈山(今.滋贺县近江八幡市)。澄元为了不被高国方得知义澄的死讯，下命严防泄密，但终于还是无法扭转颓势，澄元党再次逃到阿波，寻求再起的机会。
在船冈山之战获得胜利的高国，靠着大内义兴的强大军事支持，以及前将军义稙复位的好气势，暂时稳住了阵脚，幕府的统治也于永正八年(一五一一)底正式重新上路。在接下来的三十年里，陷入分裂的管领细川家和将军家都为了打倒对手，以京都为中心展开多次的驱逐战、狙击战，可是，最终的结局却是各方都意想不到的两败俱伤。
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