石山合战发生的原因，通常的说法是因为信长提出了要在石山御坊的寺地筑新城的无理要求，但是史料上却没有明确的证明。
日本战国时代元龟元年春，为了阻止将军足利义昭再兴的行动，织田信长向义昭送去了"五条书(内有五条禁令的条令状)"。之后，信长亲自上洛，前往禁中讨伐将军义昭。当时，德川家康也开始奉命向当时的近邻各国发送协同上洛的书状，而当时的越前大名朝仓义景答应了保护将军义昭，作为将军的后援。为此，信长于4月19日在禁中获得了讨伐朝仓家的"勅命"，并很快于翌20日组成了所谓的"官军"，与家康一起出阵。但是，由于信长的妹妹--嫁给近江浅井长政的阿市向信长泄露了浅井家背叛的消息，信长于28日收阵归京，并于5月9日退回岐阜城。6月28日，织田·德川联合军近江出阵，在近江的姉川附近击破浅井·朝仓联合军，史称"姉川之战"。
7月27日，被追放出京的三好三人众与三好康长以管领家嫡流的细川六郎为盟主，于摄津国的野田·福岛出阵，铃木孙一等当时也加入了三好家(《足利季世记》、《细川两家记》)。三好势不久便加入了浅井·朝仓的残党，在野田和福岛筑城并在中之岛、天满森布阵(《足利季世记》中记载:"……在阵前挖掘了壕沟、建筑了屏障、射击孔，在河流的浅水处以大树遮挡并建筑屏障……)。8月17日，三好势进入河内国古桥城。
趁着这个机会，石山本愿寺的法主显如联结三好军，发动各国的门徒众纷纷举兵对抗信长。9月12日，本愿寺的门徒众向信长的本阵发动了攻击，拉开了旷日持久的"石山合战"的序幕。
9月13日、14日两日，本愿寺势向信长发动了猛烈的攻击;18日，铃木伊贺守等在中岛击退了信长的部队;20日，杂贺众出击，在滓上江击退了信长军。在这一战中，信长势的野村越中守定常讨死。《细川两家记》中记载孙市与本愿寺方一起以3000挺铁炮向信长发动猛烈攻击，两军发生了铁炮对射战(《信长公记》中有10万"敌我双方的铁炮射击声日夜不停地响彻天地"的记载)。这一战信长可谓充满了艰难。(野田·福岛合战)
但是，杂贺众的一部分--杂贺三组的社家(宫)乡、中乡、南乡三组，由于受"新义真言宗"根来寺影响的根来众，据说却是从属于信长方。这种复杂而奇怪的关系，也是当时时代的代表。
在9月18日铃木伊贺守在中岛的"铁炮战"，在组织方面实施了每25人配置一个小头目，50人为一组的管理方法，在当时已经属于比较先进的组织方法(《阴德太平记》)。
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