1864年7月19日，随着曾国藩、曾国荃率领的湘军攻陷天京(今南京)，太平天国宣告灭亡。
太平天国灭亡后，曾国藩的湘军立即成为朝廷的心腹之患。
一方面，曾国藩手里的湘军多达10余万，不接受朝廷节制，只听曾国藩一人命令，是从来未有的现象。另一方面，部分湘军纪律败坏，在天京烧杀抢掠;特别是鲍超回四川养病时，他所率领的霆军被朝廷调集西征途中发生哗变，产生了极其恶劣的影响。
对于朝廷的担忧，曾国藩心知肚明，他多次表示要将湘军裁撤，只是因为军饷等问题没有解决，暂时没有动手。
一是派遣湖广总督官文出马。
官文是满洲正白旗人，早年在道光皇帝身边做过蓝翎侍卫，后来历任荆州将军、湖广总督等职。官文是一介粗人，不懂处理政事，做什么事靠家奴出主意，因此人们笑称湖广总督府有三大：“妾大、门丁大、庖人大。”
官文是满洲贵族出身，历来就瞧不起汉人，当他看到曾国藩、胡林翼、左宗棠等人不断升迁时，心里很不是滋味。胡林翼担任湖北巡抚时，他就进行掣肘。好在胡林翼会做事，处处让着他，有事自己做，有功全部推给他，又搞起了裙带关系，这才得以维持督抚相安的局面。
官文派人潜入湘军吉字营(曾国荃的部下)，偷出花名册，抄了几百个士兵的名字，然后找到曾国藩，将这些人诬陷为哥老会成员。曾国藩不知就里，表示要严加审讯，依法惩办这些士兵。官文却告诉他，此事传出去后，势必对曾国藩以及湘军不利。不如趁裁军之机，悄无声息地将这些士兵散去。
曾国藩何等聪明的人，他立即就明白了官文的意思。
二是派江西巡抚沈葆桢出马。
沈葆桢是一代名臣林则徐的女婿，曾经率部击败过太平天国名将石达开，名动官场。
说起来，曾国藩还是沈葆桢的伯乐。1859年，曾国藩欣赏沈葆桢的才华，邀请他出山，推荐为江西巡抚。不过，沈葆桢似乎并不买曾国藩的账。他到江西后，多次扣发湘军的粮饷，把曾国藩气得吹胡子瞪眼。
沈葆桢是怎么做的呢?他派人来到九江，精确地拦截了一艘船只。这艘船只的主人是曾国藩部将萧孚泗。1864年，湘军攻陷天京时，萧孚泗因擒获李秀成、洪仁达，赐封一等男爵，赐双眼花翎。不久，萧孚泗因父亲去世，丁忧回乡。他在回乡时，携带了在天京抢劫的金银财宝，以及在江南购买的3名美貌女子，乘船回乡，没想到被沈葆桢给扣留了。
萧孚泗事发，不但让他自己岌岌可危，还让曾国藩陷入困境。当初，曾国藩奏报朝廷，称天京没有财物，“克复老巢，而全无财货，实出微臣意计之外，亦为从来罕闻之事。”真是这样的话，萧孚泗船上的大量金银财宝从哪里来?
三是派僧格林沁亲王出马。
僧格林沁亲王是蒙古贵族，深得道光皇帝、咸丰皇帝器重，掌握了一支蒙古铁骑，拱卫京师一带的安全。
僧格林沁亲王自视甚高，连八旗、绿营都不入他的法眼，更别说曾国藩率领的区区团练。没想到，正是他看不上的湘军，攻破了天京，抢得了第一份功劳。所以，僧格林沁亲王对曾国藩犹如眼中钉一般，欲清除而后快。
僧格林沁亲王以进剿捻军之名，挥师南下，驻扎在滁州、泗州一带，加上驻镇江的冯子材、驻和州的德兴阿、驻扬州的富明阿、驻武昌的官文，对湘军形成包抄之势。如果曾国藩有风吹草动，立即合围聚歼。
这3个办法，有明有暗，但用意十分明显，就是逼迫曾国藩尽快裁军。当然，在使出这3个办法的同时，慈禧太后又怀柔了一把，没有追究萧孚泗的责任。她在上谕中说：“前福建陆路提督男爵萧孚泗，系攻克江宁首功大员，此次因父逝回籍奔丧，顺带节字营官勇历次所获战利品，系出自袍泽之谊;既在江宁娶妾，自应带回原籍奔丧，亦在情理之中。着毋庸追究，俾该前提督一行回籍成礼。江西巡抚沈葆桢办事秉公，执法严谨，其节可风，着交部优叙。”
慈禧太后放过了萧孚泗，表扬了沈葆桢，又将处理结果迅速通知曾国藩。这让曾国藩对慈禧太后做法深感不满的同时，又身怀感激。
不久，曾国藩就给湘军吉字营、老湘营、果字营、霆军、正字营以及长江水师、宁国水师、太湖水师、淮扬水师统领们下达了裁军的命令。
1865年12月底，裁军任务全部完成。曾经拥有15万水陆两支大军的湘军，裁撤得只剩下1万人。
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