作为传奇的三大骑士团之一，公元1099年，第一次十字军东征刚刚结束，为了照料负伤的战士和朝圣者，由法国贵族杰拉德和几个小伙伴在圣若翰洗者教堂附近的医院里成立，这就是医院骑士团(也有翻译叫善堂骑士团)的雏形。
跟圣殿骑士团一样，医院骑士团初期非常弱小，只有在宗教的支持后才能壮大，所以在1133年，由教廷给予其宗教上的支持，并直属于教皇，而不需听从其他世俗权力，因为这一段时间内有2个教皇轮流坐庄(本笃九世和希尔维斯特三世)，所以具体是哪个教皇承认的宗教地位，已经无从考证了。
骑士团以黑底白十字为自己的勋章，样子类似于圣殿骑士团的徽章，只是颜色上有差别而已。
公元1120年开始，面对穆斯林带来对欧洲朝圣者的安全问题，骑士团改变了原来的救死扶伤的宗旨，转而变成一个专门进行军事战斗的组织。至1187年的哈丁战役为止，骑士团总共在耶路撒冷国家内建立了140余座军事建筑和要塞，可以说几十年间医院骑士团发展的非常壮大了。
但是就如他的兄弟圣殿骑士团一样，1187年的哈丁战役，由于指挥失误，医院骑士团的绝大多数精锐都战死在这场战都中，包括大团长罗杰·德·穆兰。
哈丁战役之后，耶路撒冷王国已无力对抗强大的萨拉丁，同年，该城陷落，自1099年第一次十字军东征到1187年的萨拉丁重新夺回耶路撒冷，这不到100年的时间里，这座穆斯林和基督教一致认为的圣城再次易主。
随着耶路撒冷的丢失，1291年，医院骑士团放弃巴勒斯坦只能被迫转移到了塞浦路斯岛，公元1309年，骑士团从拜占庭帝国手中夺得了罗德岛，自此这里就成为了天主教阻止穆斯林前进的最后一道屏障了，因为他们的敌人已经不再是萨拉丁，而是比埃及阿尤布王朝更加强大，拜占庭帝国的毁灭者-奥斯曼土耳其人。
1453年，随着拜占庭首都君士坦丁堡落入奥斯曼土耳其帝国手中(同时也开启了欧洲的大航海时代)，罗德岛更成了对抗穆斯林的孤独的防御要塞。
1480年奥斯曼土耳其苏丹穆罕默德二世派出10万大军对罗德岛进行疯狂猛攻，再维持了3个月的拉锯战后，土耳其军队伤亡惨重，最后只能以失败告终。(有兴趣的读者可以去找一本叫罗德岛大围攻的书籍)
1522年奥斯曼土耳其苏丹苏莱曼一世再次攻击罗德岛，而这次的兵力达到了惊人的20万(个人感觉有水份)，骑士团竟然以7000多名士兵的微弱力量坚守了6个月之久，这不可谓中世纪战争的奇迹，这场战斗中奥斯曼至少死伤有4到5万名士兵，而骑士团也仅剩几百人。幸存下来的骑士团成员与土耳其苏丹达成了协议，允许他们撤退回欧洲。
骑士团转移至欧洲后，在欧洲经历了7年居无定所的迁移，在1530年，奉教皇克雷芒七世和神圣罗马帝国皇帝查理五世的命令，他们最终也是最后一次转移到了西西里国的马其他岛，而每年也象征性的给西西里国王1马其他鹰币作为租金，在岛上医院骑士团改名为马其他骑士团国。
但是好景不长，1565年，苏莱曼一世又一次派出了大军进攻了马其他岛，这次战斗跟罗德岛战役一样，医院骑士团苦苦支撑，损失过半，但是在最后关头，一支西班牙舰队来到此地，一举扭转了战局，有点讽刺的是，西班牙舰队的兴起跟君士坦丁堡陷落带来的大航海时代不无关系。
经过几年的修养，苏莱曼一世认为自己的舰队已经足够远征罗德岛了，所以在1571年，奥斯曼土耳其又带来了大批舰队前来围剿骑士团，但是戏剧性的一幕又上演了，他们还没进入马其他岛范围就碰上了以西班牙无敌舰队为主的联盟舰队，在勒班陀海域土耳其舰队几乎全军覆没，自此奥斯曼土耳其再无力对马其他岛进行战斗了。
可以说如果没有医院骑士团在罗德岛和马其他岛上的战斗中挡住了奥斯曼土耳其人，那么欧洲极有可能被奥斯曼土耳其造成上下包围的态势，所以说医院骑士团是欧洲的救世主，一点都不为过。
1798年，拿破仑的军队来到马其他岛，并用强大的军力迫使医院骑士团投降，自此，作为军事组织的医院骑士团完成了他的历史使命，很有意思的是，部分骑士团成员去到了俄罗斯，并且获得了俄国沙皇的支持，骑士团则立俄国沙皇保罗一世为他们的新一任团长，一个基督教的团体立一个东正教的皇帝为团长，这实在是一种讽刺。
1834年，骑士团在罗马重建总部，但也只是做一些慈善类的工作，而且骑士团只是租借了一幢大楼做为总部，但是实际没有任何领土，医院骑士团的传奇事迹已经结束，但是他的影响还将永远持续下去。
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