绳纹时代人们居住在自己建造的竖穴式房屋之中，但也有利用自然山洞和岩下作为住处的。
竖穴式房屋是从地面下挖50公分左右，四周用几根木柱支撑屋顶。房屋的平面形状为圆角方形、方形、梯形、圆形、椭圆形等。前期以后，室内中央设有炉灶。竖穴式房屋和由竖穴式房屋组成的村落遗址，在日本发现多处。这些遗址在不同程度上反映当时氏族公社的社会面貌。
茨城县花轮台贝家是属于绳纹早期的遗址，在这里发现5所竖穴式房屋遗址和陶器。房屋遗址有重叠的，陶器也有绳纹和无纹两类。由此推定，花轮台遗址是经由两个时期的居住区。一个时期只有二三所房屋，一屋中居住四五个人。在干叶县市川市姥山贝家的一所竖穴式房屋中发现成年男女遗骨各两具和小儿遗骨一具。姥山贝家是绳纹中期的遗址。从这一竖穴，可以推定前期竖穴式房屋居住的人数和生活情景。一所房屋按居住四五个人计算，二三所房屋只有十几个人。绳纹早期的村落大都在丘陵和台地顶端或斜坡上，一般规模小，延续时间短，这是当时人们为了寻找食物不断迁徒的缘故。这种小型村落是氏族的聚居区，竖穴式房屋是氏族公社成员的住处。
前期村落规模较大，延续时间较长。横滨市南掘贝家是绳纹前期的遗址。遗址位于台地的南坡上，占地面积5000平方公尺左右。从这里发现50所大小基本相等的竖穴式房屋遗址。房屋有重叠的。有的房屋被贝壳层埋没。出土的陶器分为三种形式。可见村落持续时间相当长，日本学者认为约为300年左右。
遗址中央有南北约60公尺，东西约35公尺左右的广场。广场中间只有一个大石 盘。房屋围绕着广场，以马蹄形排列着。由此可以看出，广场是讨论当天生产，分配劳动果实以及开会、祭祀的场所。大石盘是共同使用的碾磨工具。在这个村落中人们过着共同劳动和分配的原始共产主义生活。
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