《使徒行者3》的感情线，创造了《使徒》系列之最。
爆钉cp：何去何从?
要说《使徒》系列最让人关注的CP，非爆钉CP(爆seed×钉姐)莫属。他们欢喜冤家式的斗气戏码极为吸引，两人时而斗智斗勇，时而打情骂俏，时而暗中保护对方，时而又翻脸互相碾压，擦出了强劲的火花。
使徒迷至今仍记得《使徒1》里这个场景：卧底名单泄露，钉姐被各路黑社会混混追杀，爆seed和她被困在车内，四面八方都是来追杀钉姐的人。车辆被推翻在地，他们紧握彼此的手不想被追杀者拉开。最后爆钉CP突破层层困境，成功牵手。
《使徒3》第一集第3分钟就上演回忆杀，爆钉CP的经典画面配上《越难越爱》的BGM，这波回忆杀一下就让人看到泪崩!
然而，《使徒3》开篇暗示，只剩下爆seed孤身一人，钉姐不知去向。
爆seed被一位号称“画家”的杀手(郑恺 饰)叫到监狱里，两人对话间，画家向爆seed展示自己的画作，画上的人俨然是钉姐，画家说了一句：“想知道钉姐的下落吗?”
看着钉姐的画像，爆seed的眼神里尽是悲痛难言。
剧情到这里戛然而止，给剧迷们留下不少问号：钉姐到底怎样了?她是否被杀?后续还会有反转吗?爆钉CP会不会相遇在人生的下一个路口?爆seed会不会有新的感情线?……钉姐是《使徒3》中一条很重要的线索，爆钉CP目前看似天人两隔，但《使徒》本身就是一个充满了反转的剧集，没到最后一刻，都不能说某人一定生或死。
中年情侣凯晴CP：好好哭
《使徒1》中卓凯发现莫羡晴深受家暴伤害，出手相助时却堕入爱河，后来两人排除万难走到一起，却因为卓凯入狱彼此错过三年时光。
卓凯三年刑期结束后，两人开了一家咖啡店，重新过上幸福的二人世界生活，此时莫羡晴已经患上肝硬化。千辛万苦寻得换肝机会，两人又碰上一系列要放弃正义的事。虽然已经换肝，莫羡晴还是晕倒在法庭上，入院后被诊断为急性肝衰竭，命不久矣。她不愿在医院离去，选择回到家中与卓凯共度生命最后的时光。
这一段里，没有交流对话，没有撕心裂肺的哭喊，两人的眼神、肢体动作包含满满的对爱人的不舍与痛彻心扉。这段细节让#使徒3好哭#上了热搜，也证明观众对凯晴CP的深爱，和对他们天人两隔的伤感。
正梅x天堂：再续前缘
《使徒2》里，郑淑梅(黄翠如 饰)一直追随着乐少，忽略了守护在她身边的徐天堂(袁伟豪 饰)，三人行中，受伤的往往是看起来什么都不在意的徐天堂。迫于现实，徐天堂无奈枪杀了乐少，乐少的死是徐天堂和郑淑梅心里面永远磨灭不掉的隔阂。
多年后，郑淑梅不再是警察，徐天堂加入了SIA(安全情报结构)，两人一直保持着合租关系。正逢乐少忌日，两人缅怀之际干杯共饮互诉衷肠，终于释怀。
《使徒3》中，郑淑梅和徐天堂再续前缘，不断披荆斩棘，遇上危险拼了命也要保护对方。徐天堂更单膝跪地向郑淑梅求婚，他深情说道：“如果这一刻我要死了，我最后悔没做的事，就是没跟你求婚，你愿不愿意嫁给我?”
面对不断涌现的危机，徐天堂的诚意求婚反而遭到郑淑梅心生怀疑。天堂和正梅能否成功携手，一起迈向幸福生活?
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