明朝推崇以祖制治国，多数高级官员认为，“本朝立国规模，章程法度，尽善尽美……今不必复有纷更，惟仰法我高皇帝”(张居正致友人私函中语)。高拱则不同，他在做礼部尚书时，就写了一道今人谓之《除八弊疏》的奏本，被一些专家称为高拱的政纲。
也就是说，除旧立新，是高拱执政的基调。高拱认为，“法不能无弊，行之既久，其弊更不可胜言。”主张“法与时迁，更法以趋时”。因此，执政后誓言“先立规模”——改革体制、健全制度。在他执政的短短两年半里，对吏制、军政、边政、财政、司法等制度，进行了一系列改革，并对一些触及敏感体制的改革提出了构想。
全面革新吏制。“凡吃俸禄的，都是百姓供给，若不要紧的官添设太多，不要紧的人虚支饩廪，百姓岂能供得起?必是裁去冗滥官役。”这是高拱给做裕王时的隆庆皇帝讲课时说的一段话。这与人民供养政府而不是政府供养人民的近代理念完全契合。
高拱执政后，大力精简机构、裁汰冗员，就连太医院也由十二科缩减为十科。与此同时，高拱对官员任职资格、选拔、回避、考核、赴任、请假等各个环节，都进行了前所未有的革新。明史专家韦庆远评价说：“高拱是有明一代最有魄力、最有识见、最敢于改革旧制，而又能妥慎制订符合实际需要新规制的吏部尚书。他所谋划和推行的新法，实为明代人事制度掀开新的一页。”
改革军政，建立军事指挥官储备、选调、升迁系统。高拱认为，军事是专门的学问，主管军事的兵部官员，要有特殊的资格，并建立储备、调动、升迁的特殊体系，而不再与其他部门官员经常互调，按常规拔擢使用。于是，陆续出台了相关措施，对兵部官员的选任、调动、升迁、待遇等做出规定。他执政期间明朝军队逢战必胜，与高拱不遗余力地推行军政改革有直接关系。
重视理财，树立养民为先的政绩观。宋明理学倡言君子不言利，致使读书人不愿做理财官，官场也普遍轻视“钱粮衙门”。地方转运使多是贬谪或考核不合格官员转任，户部的官员也为人所轻，升迁特差。高拱明确指出：“《洪范》八政，首诸食货;《禹谟》三事，终于厚生。足见古圣贤极重言利;后世迂腐好名之人，倡不言利之说，遂使俗儒不通国体者转相传习，甚有误于国事，以致无为国理财者。”
他认为，义利之分，唯在公私之判，为公众谋利即为义。他的执政理念带有为民众谋福祉的先进思想。他执政后即大声疾呼重视理财，并对理财官任用、升迁制度进行改革。在短短一年多时间内，即在很大程度上扭转了国严重亏空的局面。据专家岳天雷统计，高拱当政的隆庆五年，相比徐阶当政的隆庆元年，岁入增长53%以上;支出减少42%以上。
高拱同时提出，生财自有大道，聚财断不可变成敛财。聚财有两种，一种是桑弘羊式的，务损下以媚上，国库虽充盈而民财刮尽;一种是刘晏式的，以养民为先，民富而国强。
他在《议处欠粮欠谷官员以图实效疏》中，推出了多项改革措施，核心是改革对天下州县一体以税收指标完成情况考核官员的制度。指出，对原系地方凋敝、百姓逃亡、田地抛荒甚多之州县，若一味下指标，是逼州县长行苛政，导官吏重殃其民!故改为以存恤贫困、召集流亡、开垦荒田，质言之以苏民困的情形，来衡量官员政绩。
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