苏我氏到了这个时代，树大招风，加上自身的专制和蛮横，招致了朝野上下的很多反对之声。虽然苏我氏家族一直权倾朝野，但为了维护自身的地位，过得也是相当不容易。即使是自己家族的女人做了天皇，这种状况还是如此。
这确实是个很令苏我氏家族郁闷的结果——推古天皇和圣德太子，一心想怎么改革一下，让日本能够摆脱现有的社会中的重重矛盾，在国际社会上出人头地。苏我马子把自己的外甥女嫁到皇室，真的就如同泼出去的水，最后都向着婆家了。
在女天皇的宝座还没有坐热乎的时候，据说苏我马子曾经请求女皇把葛城赐给他作为领地，但是女王委婉地说：“我也是苏我氏家族的人，按理说，只要是舅舅提出来的要求，晚上提出的就不会等到天亮，白天提出的总不会拖到天黑，我总是放在首位。但此次，舅舅的请求太过分了。如果我答应了，就等于是把领地无缘无故地下赐。这样，我在后代君王乃至史书那里，都会被骂为愚蠢。”
这位女天皇，已经不买苏我马子的账了。为了平衡朝廷的权力，女天皇册封用明天皇的遗子厩户为东宫，同时授予他“摄政”的头衔，期望他能和苏我氏抗衡。
这位东宫，就是圣德太子。这是一位野心勃勃的太子。在执政时期，他派出很多留学生去中国，学习隋唐的制度、礼仪与学问。这些“海龟”受到朝廷的重视，圣德太子多方采纳留学生的意见，决定着手进行改革。圣德太子的改革措施，主要有制定冠位、制定宪法、提倡佛教、恢复中日邦交和编纂史书等。
冠位制定于推古天皇十二年(604年)，第二年开始实施。冠位不能世袭。因此冠位制的实行，在一定程度上起到抑制氏姓门阀势力和选拔人才的作用，并推进了贵族的官僚化和以天皇为首的官僚体制的形成——这在一定程度上也制约了苏我氏权力的泛滥。
在制定冠位的同时，圣德太子还制定了17条宪法。说是宪法，其实和法律并没有多大的关系。17条宪法更像一个思想教科书，目的是宣扬中国的儒学思想，向日本人灌输“国靡二君，民无两主;率士兆民，以王为主”的思想，加强皇室地位和皇权。
圣德太子还特别推崇佛教。自己也投入了佛教，以自己的名义带头建立斑鸣寺(法隆寺的前身)，还亲自在宫中讲解佛经。在皇室的推崇和倡导下，日本国内很快出现了弘扬佛法、竞造佛寺的局面。到推古天皇三十二年(624年)，日本寺院犹如雨后春笋般出现，从事僧侣职业的人也大大增加。
除以上之外，圣德太子在中日邦交方面也作出了很多努力。圣德太子的改革，在某种程度上抑制了氏姓贵族尤其是苏我氏的势力，遗憾的是这些措施并没有从根本上解决日本的社会危机。而苏我氏愈加跋扈起来。
苏我马子去世之后，苏我家掌权的人物是苏我虾夷，在推古天皇去世之后，苏我虾夷和他爹一样，也妄想在天皇的人选上插一手。他很想自己定嗣位，又怕不能服众。苏我氏一派极力拥戴田村皇子，而境部臣摩理势等则推荐山背大兄(圣德太子之子)，并几度与苏我虾夷发生冲突。
山背大兄的支持者实在是太少，苏我虾夷又寻了个机会，将几个山背大兄的支持者捉住杀掉了。最终，在清除异己之后，苏我虾夷选立了自己心目中的天皇。
苏我入鹿比之父亲和祖父更为蛮横无谋，他的想法更是斩草除根，希望将圣德太子的支脉全部干掉。苏我入鹿袭击山背大兄王，逼迫上宫王族(圣德太子一族)自杀。
极端疯狂终于遭到反击，645年，中大兄皇子等人在皇极天皇的面前杀了苏我入鹿。同时，苏我氏的同党也遭到了清洗，苏我虾夷见大势已去，自焚而死，苏我氏就此退出了历史舞台。
功高盖主，自然是会被统治者所忌惮的。苏我氏家族在朝中权势过大，又坚持反对革新，自然会被统治阶级排除在权力中心之外。
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