医院骑士团是西欧中世纪历史上出现的著名的三大骑士团之一。医院骑士团的建立直接与朝圣活动的主体———朝圣者之间有着深刻而紧密的关联。络绎不绝的朝圣者来往于圣地与西欧之间，而这其中有一批把宗教和贸易紧密联合起来的朝圣者，他们就是意大利阿马斐商人。据说，也是他们组建了最早的医院骑士团，他们所管辖的医护院不加歧视的接待所有来自西欧的朝圣者。医院骑士团产生于十字军东征期间，此时也正是伊斯兰教穆斯林与西方天主教徒，尤其西方的封建贵族骑士阶级之间最深刻的冲突时期，医院骑士团在此期间担负着保卫拉丁国家和照顾朝圣者、穷人和伤患的责任。医院骑士团的兴起与发展与十字军运动相伴而生，骑士团的主要活动区域是十字军东征的中心区，即中东地区，而12-13 世纪时，十字军运动方兴未艾之时，也是医院骑士团发展的顶峰时期。

　　1126 年，医院骑士团拥有了军事审判权，此后医院骑士团转变为军事宗教骑士团。1135 年，医院骑士团从教皇英诺森二世那里获得了对禁令和开除教籍的豁免权。医院骑士团从此完全摆脱教会的司法管辖，这标志着医院骑士团成为了独立的组织。1139 年，医院骑士团还接受了阿方索一世给予的位于伊比利亚半岛上的一大片领土。1142 年-1144 年，医院骑士团还接受了的黎波里伯爵给予的位于其王国边境地区的城堡。骑士团在的黎波里恢复了许多要塞的秩序并加速军事化，此后的医院骑士团在的黎波里公国简直就成了拥有大片领地的独立王国。在1126 年医院骑士团变成军事宗教骑士团以后的二三十年间，其在圣地已经家喻户晓。

　　1187 年，耶路撒冷被撒拉丁攻占，医院骑士团的中心转到海滨城市阿克，1191 年7 月在阿克重新建立了基地。在1190—1193 年间医院骑士团在面对统一的穆斯林国家时候，通过参与军事活动对保卫十字军国家起到了协助作用。1268 年由医院骑士团鼓动的对埃及的远征遭到失败后，医院骑士团不再主动参与十字军对穆斯林的战斗。但此时的医院骑士团的军事体系和组织已经基本完备。在第五次十字军东征中，医院骑士团发挥自主权极力避免介入军事活动，这种行为受到了教皇和世俗君主的指责。在整个13 世纪，医院骑士团却卷入了拉丁国家纷繁复杂的政治斗争中。

　　从1265 年起埃及马穆路克苏丹发起了对十字军国家的全面进攻。短短的二十多年时间，十字军在中东、叙利亚地区的领土逐渐落入穆斯林之手。1291 年5 月18 日穆斯林开始攻打阿克，阿克随即陷落。医院骑士团总部转移到塞浦路斯，以此作为攻击叙利亚和巴勒斯坦穆斯林的桥头堡，医院骑士团将其所拥有的珍贵的圣迹和圣物也转移至塞浦路斯，但由于医院骑士团在塞浦路斯岛上的活动受到限制，塞浦路斯内部王国之间的政治动乱导致该岛并不适合做医院骑士团长久的军事基地和总部所在地。同时教皇也计划和考虑将几大骑士团合而为一，虽然最后由于各骑士团的强烈反对而最终未能实施，但也对医院骑士团也是一个打击。由于医院骑士团介入塞浦路斯内部的政治斗争，加上医院骑士团在该岛上财政状况不断恶化，导致医院骑士团在此无法立足。

　　1306 的医院骑士团从拜占庭手中得到位于希腊沿岸的罗德岛，岛上很富庶且有很高的战略价值，可以控制爱琴海地区。从此医院骑士团也可以称为罗德岛骑士团。在此，医院骑士团一直坚持到奥特曼帝国攻占罗德岛。1312 年教皇将解散后的圣殿骑士团的财产大部分都赠予了医院骑士团。虽然医院骑士团在罗德岛有了一个稳固的基地，但此时的医院骑士团即陷入了内部的纷争，团长曾几度易手，同时由于受到了教会大分裂的影响，教皇也插手医院骑士团的内部事务。虽然内部的纷争削弱了医院骑士团的力量，但骑士团还是在以前大力发展的海军力量基础上增强了军事力量，海上成为了他们主要活动地域。他们参加了当时出现的许多海军同盟，在巴尔干和爱琴海地区充当了主要的军事力量。

　　14 世纪中期医院骑士团开始大量的负债。尽管如此，医院骑士团在地中海区域还是成功阻挡了马穆路克人和奥斯曼土耳其人的攻势，罗德岛自此也成为东西方交流与贸易的主要中心。医院骑士团也同土耳其人和马穆路克维持了暂时的平衡。但1421 年医院骑士团面临更大的困境，西欧此时正经历英法百年战争，而遍及欧洲的宗教改革斗争也使医院骑士团陷入了财政危机。新的马穆路克统治者和奥斯曼土耳其苏丹都开始采取攻势，先后攻占了巴尔干、爱琴海沿岸和塞浦路斯。对医院骑士团构成最大威胁的是埃及马穆路克苏丹， 1440 年和1444 年马穆路克对罗德岛进行了两次大规模的进攻。虽然马穆路克人最后撤退，但医院骑士团在罗德岛的基础设施和战斗人员遭到了严重破坏。1453 年奥斯曼人又攻占了君士坦丁堡，东方的形势更加严峻。土耳其人不久后攻占了罗德岛附近的大小岛屿，直接威胁到了医院骑士团的安全。1479 到1480年，医院骑士团尽管抵挡住了奥斯曼人的进攻，但罗德岛最终于1522 年在新一任奥斯曼土耳其人苏丹苏莱曼的进攻下陷落。

　　1530 年，医院骑士团撤退到马耳他岛并在此重新建立总部。到此时，医院骑士团又可以称为马耳他骑士团。医院骑士团在该岛上的中心主要是在主岛上。它已经不再处于西方朝圣者所必经的路线上，因此医院骑士团损失了大部分的捐赠收入而陷入了新的财政危机。马耳他岛在医院骑士团进驻之前曾几度易手，有西西里王国，还有阿拉贡王国，还有神圣罗马帝国，由此医院骑士团不可避免的卷入西欧的政治斗争旋涡。1565 年医院骑士团抵挡住了土耳其人对马耳他的围攻。这一次成功的防御使医院骑士团重新赢得了声誉。由于西欧纷纷伸出了援手，医院骑士团加强了主岛的防御，并暂时解决了财政危机，此后医院骑士团加入了新组建的海军同盟。

　　18 世纪末期，剧烈变化的国际形势使医院骑士团失去了存在的价值。俄国崛起使人们相信土耳其人不再是威胁，而启蒙思想与宗教思想的革新也使圣战和十字军的观念不再与时代和谐，医院骑士团走入了信念危机。1798 年马耳他骑士团在拿破仑率领的法国军队的进攻下投降。至此，医院骑士团的主要历史结束。

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