史学界将公元420年南朝宋建立，到公元589年陈朝灭亡为止的这一段时期，称之为南北朝。南北朝，顾名思义，天下成南北分治之势，其正统有二。而我们都知道南京被称为“六朝古都”，此六朝为东吴、东晋、宋、齐、梁、陈，皆定都於今南京城(东吴称建邺，晋朝时为避晋愍帝司马邺之讳而改称建康)。而此六朝，皆偏居江南之地，在时间上几乎连贯在一起，且东晋与南朝宋之间还存在明确的禅让承袭关系。那为何南北朝以南朝宋为开端，却不以东晋或东吴为开端呢?
其实，这牵涉到“正统”之争问题。在儒家的天下观念之中，“天无二日、民无二主”。故而，天下便只能有一个正统。而谁据有了“正统”名分，则意味着其在政治上就容易获得支持。如东晋十六国时期，前秦丞相王猛与符坚之弟符融劝导苻坚勿征伐东晋的理由，就是东晋虽僻处江南，但是为华夏正统，人心向晋，不宜征讨。而苻坚执意伐晋，很大方面的原因也是必欲灭东晋而心安。
因此，每遇天下动乱分裂之际，“正统之争”便会成为各方势力争执的焦点。而历史上最有名的“正统之争”，当属蜀汉与曹魏的正统之争。诸葛亮在《出师表》中即言道：汉贼不两立、王业不偏安。但自魏晋到北宋的官方(如司马光等主编的《资治通鉴》)都是以曹魏为正统，而将蜀汉视为地方割据政权。
但宋室南渡之后，因与蜀汉的境遇同病相怜，故南宋理学家朱熹等主张以“血统”而论正统，蜀汉正统论便又开始抬头(匈奴的汉赵政权，亦曾以蜀汉为正朔，而祀刘备、刘禅，但影响力较小)。自明以后，影响力甚广的小说《三国演义》也是奉蜀汉为正朔，也使曹操“奸臣”的形象深入人心。
尽管蜀汉与曹魏的正统之争，较为激烈。但史学界的主流还是以曹魏为正统，汉魏晋宋齐梁陈之间是有明确的禅让程序的。如果否认了汉魏禅让的合法性，则从根源上，晋宋齐梁陈亦不得为正统，而这显然是不现实的。
而到陈朝时，陈最终为隋所并，汉魏晋宋齐梁陈这一脉帝系传承便断绝。故而，正统便只能归於隋，但隋朝的帝系又是从北周那里禅让得来的。而肯定了隋的正统，就意味着不能否定北周的正统，肯定了北周就不能否定西魏，肯定西魏就不能否定北魏。从北魏到西魏到北周到隋唐再到后梁，也是有明确的禅让程序的，为另一支脉的帝系传承。出於相似的原因，北魏到东魏到北齐，这一小支脉的帝系传承也获得了承认。
而在南北朝时期，双方是互不承认的，南朝修史书，称北朝为“索虏”，列为“索虏传”。北朝修史书，谓南朝为“岛夷”，列为“岛夷传”。而北魏(其时，尚未融合於华夏)与华夏王朝正式形成南北对峙之势，为439年魏太武帝拓跋焘灭掉北凉，完成了北方的统一。此时，南朝宋已建国19年，而南北朝都获承认，原本就是不得已才为之，故南朝以南朝宋为开端，而不以东晋或东吴为开端。而北朝则追溯到386年，道武帝拓跋珪自称代王。
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