明朝之所以没有把后金扼杀在萌芽状态，个人认为，主要有两个方面的原因：一是明朝方面的原因，简单说就是明朝的辽东主帅李成梁出于维护自身利益需要，对努尔哈赤兄弟的纵容。二是努尔哈赤方面的原因，简单说就是努尔哈赤对李成梁和明朝的低调、示弱和与李成梁的“互惠互利”。
先说明朝方面，主要是明朝的辽东主帅李成梁。李成梁祖上于晚唐时期迁居朝鲜，直到明朝开元建国之后才内迁回国。后来，李氏家族一直居住在东北地区，李成梁便出生在现在东北的“大城市”铁岭那旮!因此，李成梁在明廷缺乏根基和人脉，只能从基层干起，在东北苦寒之地熬资格。但是，也正是这一点最终成就了李成梁!在对蒙古和女真的作战中，李成梁因为军事素质过硬、能力出众，步步高升，最终成为了镇守边疆的辽东总兵。
就在李成梁成为辽东总兵数年之后，发生了一件事。李成梁在进剿努尔哈赤的外祖父王杲时，俘虏了努尔哈赤、舒尔哈齐兄弟。虽然成为了阶下之囚，因为二人英勇无畏，反倒是得到了李成梁的赏识，被李成梁留在了身边。之后，努尔哈赤兄弟对李成梁“忠心耿耿”，跟随李成梁鞍前马后、杀敌立功，深受李成梁看重。这个时候，努尔哈赤兄弟是李成梁麾下的可用之才，而且并没有表现出“”反叛之心”，李成梁自然不会对他们怎么样。
明万历十一年，李成梁麾下的明军在与努尔哈赤的舅舅阿台作战屠城时，误杀了早已投靠明朝、前去劝降的努尔哈赤的祖父觉昌安和父亲塔克世。如果是一般人，早已头脑发热，武力报复了。但是，努尔哈赤兄弟非但没有武力报复，反而以近乎“可怜”的方式向李成梁、明王朝“问罪”：“我爷爷和爸爸早就是朝廷和你李大人的人了，而且还主动帮你李大人去劝降我舅舅，可你们居然把他俩给杀了!你李大人总得给我们一个说法吧?”
努尔哈赤兄弟这一手搞得李成梁都有些过意不去了，最后上奏明廷，让努尔哈赤承袭了建州左卫指挥使，将觉昌安和塔克世的那些家当全部交给了努尔哈赤，算是对努尔哈赤兄弟的补偿。而这，最终成就了努尔哈赤，努尔哈赤一统女真的铁幕也就此拉开。此后，努尔哈赤开始不断蚕食、吞并女真各部。但是，李成梁对此却始终是睁一只眼闭一只眼。
为什么李成梁要纵容努尔哈赤兄弟?个人认为，这和李成梁彼时的处境有很大关系。彼时李成梁坐镇辽东日久，朝中眼红的、想取而代之的人不在少数，御史言官们也纷纷弹劾他贵极而骄、生活奢靡。李成梁之所以能够在这么多攻击、弹劾中稳如泰山，就是因为辽东地区的不稳定，这才有了李成梁存在的必要。一旦辽东地区被彻底平定或者恢复平静，光是御史言官们的唾沫星子就能把李成梁给淹死!
因此，李成梁要想稳坐钓鱼台，就必须维持辽东地区的战争状态，这才是他的安身立命之本!用现在通俗的话说，李成梁就是在“养寇自重”，不是吗?李成梁非但没有因为努尔哈赤兄弟的武力扩张而出兵剿灭他们，而且还和他们结成了儿女亲家，让儿子李如柏纳了舒尔哈齐的女儿、努尔哈赤的亲侄女为妾。
明万历十九年，明神宗朱翊钧终于迫于各方压力，罢免了李成梁在辽东的所有职务。之后的十年里，明朝的辽东主帅就像走马灯一般，十年换了八任，这八位爷基本上就是到东北“避暑度假”的!而这十年里，努尔哈赤兄弟一统女真的步伐却一日也没有停息。等明廷缓过神来再派出李成梁镇守辽东时，为时已晚，已经失去了将努尔哈赤扼杀在萌芽状态的机会。虽然，此后李成梁利用姻亲关系和加官进爵鼓动舒尔哈齐叛兄自立，制造建州内乱，但已经无力回天。几年之后，李成梁被再次罢免，不久便去世了。就在李成梁去世三年之后，努尔哈赤以“七大恨”昭告天下，正式与明朝分庭抗礼，拉开了后金、清王朝一统天下的铁幕。
再说努尔哈赤方面。努尔哈赤兄弟在被俘、跟随李成梁之后到努尔哈赤成为建州左卫指挥使这段时期内，二人几乎就是李成梁的“孝子贤孙”，没有表露出一丝野心。相反，二人还一直以明朝的忠臣自居，即便是祖父和父亲被明军所杀，努尔哈赤兄弟也依然保持了高度克制，将事件控制在军事作战误杀层面，始终没有上升到对明廷的仇恨。最后，甚至连李成梁也几乎要相信努尔哈赤兄弟是明朝的忠臣了。这也是李成梁后来会主动将觉昌安和塔克世的家当全部交给努尔哈赤的原因之一。
在努尔哈赤接管建州左卫，兄弟二人开始蚕食、吞并女真各部之初，他们依旧与李成梁保持着良好的关系，努尔哈赤甚至把自己的亲侄女、舒尔哈齐的女儿送去了李府，给李成梁的儿子李如柏为妾。请看清楚，是妾!不是妻。此举既是在巴结李成梁，同时也是在向李成梁示弱。主动把亲侄女、女儿送给人家儿子当小老婆，这个弱势的还不够吗?说白了，努尔哈赤兄弟此举为的就是让李成梁放松警惕，与他们结成命运共同体。李成梁利用努尔哈赤兄弟武力扩张制造的战争状态维持其自身地位。努尔哈赤兄弟利用李成梁对辽东维持战争状态的需要，大肆蚕食、吞并女真各部，扩充自身实力，双方“互惠互利”、一拍即合。
正是努尔哈赤兄弟的低调、示弱和对李成梁“养寇自重”心态的准确把握，使得他们能够主动向李成梁示好，与之结成“命运共同体”，从而避免了自己被李成梁和明军扼杀在萌芽状态。等到李成梁二次督辽时，努尔哈赤早已羽翼丰满，对李成梁也没十年前那么客气了。虽然李成梁费尽心机挑拨离间、分化努尔哈赤兄弟，但是已然是回天乏术了。在舒尔哈齐被努尔哈赤幽禁之后，明朝已经再也没有能力一举消灭努尔哈赤了。
用个不太恰当的说法，明朝“成也李成梁、败也李成梁”。因为李成梁，明朝获得了一定时期内辽东地区的安定。同时，因为李成梁的私心，明朝也失去了剿灭努尔哈赤的最佳时机，使努尔哈赤得以做大，最终成为了明朝的“掘墓人”。
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