接上回，刘裕真在坐着清荡河洛的美梦时，卢徐二人再生事端，甚至大军逼近建康城，刘裕只能飞马疾驰，还好紧赶慢赶，终于是赶上了，卢徐二人尚未攻入建康，同时人心也安定了下来，但是，对于刘裕而言，危机是越来越大。因为此时卢循已经坐拥十几万军队，占据相当多的地盘。
当年与刘裕一块起兵的老战友，北府名将、抚军将军刘毅驻镇姑孰(今安徽当涂)，因为重病在身，一直没有出兵平叛。不过现在他听说刘裕回来了，病顿时好了大半，可不是高兴的，是心里气得。
虽说都是北府旧将，可多年相处下来，他看着刘裕败桓玄，平南燕，一步步称为国家的顶梁柱，朝堂上的第一人，心里特别不痛快，他自认才能不在刘裕之下，功劳也不小，对刘裕很不服气。
之前他力阻刘裕北伐南燕，也是因为知道如果刘裕功成，就再无人能够制衡他，如今，南燕已平，慕容超成擒，刘裕的事业和功名直上九霄，自己再不奋起直追，恐怕很快就被人们遗忘掉了。
所以，这一回，他不待刘裕有所行动，强支病体，亲自率兵像卢循开战。
可惜，此时的卢循已不是常人所能抵抗的。
刘裕得知后，不禁心急如焚，赶紧写信给刘毅：“我以前常与贼军作战，深谙其作战之术，他们新近又连连获胜，兵锋正锐，不可轻视。你最好等我休整好了，再一同整军与贼开战。”为了成功阻止刘毅，刘裕还专门派了刘毅的堂弟刘藩前往劝谕。
但是刘毅也是一等一的豪杰，他读完信，掷之于地，对堂弟刘藩说：“难道连你也看不出?当初平桓玄，我可是因为谦虚才把首功推让给刘裕的!都认为我不如他?简直笑话!现在就让你们见识见识我的厉害!”
接着他自己带着两万水军从姑孰(今安徽当涂)出发，逆江西进，去战徐道覆。
徐道覆虽不是名将，却也通晓兵法，他听闻刘毅前来搦战，忙飞报卢循：“刘毅兵众极盛，成败之事系之于此战，你我宜合师力摧其军。此战如若克捷，不忧不得天下。”
此时卢循在长沙刚刚打败了刘裕的弟弟荆州刺史刘道规，占了巴陵，正准备出洞庭，西征军事重镇江陵，以据长江上游。听了徐道覆的报告，便舍江陵与徐道覆连旗而下，约十多万兵将，乘千余艘战船，与刘毅大战于寻阳东北的桑落洲(今江西九江附近)。
刘毅虽然对刘裕很不服，但你就是不如人家。
桑落洲一战，刘毅大败，其与数百人仓皇弃船上岸，仅而获免，遗弃战船、辎重、器械无数，物资堆积如山，尽为贼军所得。
唉，好不容易安定了的东晋朝廷又被刘毅军败的消息吓坏了，毕竟刘毅也是北府名将，也是大佬。京师人心惶惶，惕惧异常。
不过还有个稍微好一点的消息，北伐南燕的军队终于赶回京师，但经过长途急行军，疲乏不堪，且大部分都受伤染病，战斗力极差。而京师建康，素来易攻难守，其守军也不过数千，大家你看我我看你，皆有畏惧之心。
与此同时，贼军在击败刘毅之后，接连攻克江州、豫州二镇，战士十余万，舟车百里不绝，楼船高十二丈，极其强盛。
当初跟随刘裕一起起事讨伐桓玄的孟昶(chang，三声)探得贼势猖獗，舳舻蔽江，有众十数万，不禁魂驰魄散，想出了一条趋避的计策，拉着皇帝北上，以避卢徐。
当然了，刘裕不同意渡长江北上。
孟昶就一再坚请。
刘裕心烦得很，不由恼怒说：“如今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，均无坚定的信心。如果天子北渡，那么就会土崩瓦解，长江以北又怎么去得了呢!即使能够渡江北上，也只不过苟延一段时间罢了。现在士兵虽然少，却尚可一战。如果真能克敌制胜，那我们君臣一同庆幸，如果京城被攻破，那么君臣同归于尽，假如厄运一定要降临，我必当以死来护卫社稷，横尸宗庙，实现多年以来以身报国的志愿，决不逃窜到荒草林野之间苟且偷生。我意已决，卿勿再言!”
老孟再次泣陈，还自请先死。
孟昶之所以这么做，是因为他有个本事，那就是对战争发展的分析。前面刘裕伐桓玄，平南燕，他都准确的作出了战争的预判，而北府名将何无忌与刘毅的失败，他也早早的指出，这一回，他看不到朝廷的希望了，认定了贼军一来，京师必然陷落。即便刘裕再厉害，也是巧妇难为无米之炊。
刘裕见他这样，也很是无语，就说道：“你先别死，看我先打一仗啊。”
孟昶知道刘裕不可能采纳他的意见，于是呈上奏表，说：“刘裕北伐的时候，文武百官都不同意，只有我赞同刘裕出兵的计划，导致强敌乘虚而入，社稷危急，这是我的罪过。现在我只有以死来谢罪。”把奏表封好后，仰药而死。
依照老孟的预测，京师救无可救，确实，当时卢、徐几十万大军摧压而来，京师已危如累卵，而且徐道覆早已定下计划，他和卢循两军合势，利用优势兵力从新亭(南京市西南)至白石(南京市西北)登陆，焚烧船舰，背水一战，实施强攻，占领石头城，进而拿下建康。
这条计划若是顺利实施，以当时刘裕所能统帅的兵力来看，如老孟预料，确实无法抵挡，但任谁也想不到，孟昶饮药自杀却悄悄的改变了整个战局!
卢循起初听从了徐道覆的意见，将舰队驰向新亭。
刘裕自宣布了内外戒严，便发动居民修筑工事，沿江置栅筑垒，并将可堪战斗的士兵集结于石头城，京师守备粗具。
不日，他登城瞭望，见了卢循的舰队，不由大惊失色，汗如雨下。
可见，卢循如能将徐道覆的计划贯彻到底，刘裕将难以招架。
起兵以来，卢徐二人接连打败了北府兵名将何无忌和刘毅，贼人声威大振，不过卢循昔日跟着孙恩时，被刘裕打怕了，不意听到了刘裕已返京的消息，便有些惊慌失色，竟准备退还寻阳，改守江陵，据荆、江两州与刘裕打持久战，毕竟之前数次正面硬刚都没刚过。
徐道覆是个明白人，知道万不能让刘裕喘过气来，遂一再游说卢循，这才大着胆子向建康进军，他调军驰赴新亭，这时候卢循突然听到了尚书左仆射孟昶绝望自尽的消息，卢循顿时乐开了花。
他对徐道覆说：“你看，我大军未至，孟昶就望风自裁。根据这个趋势来判断，敌军不久必自相溃乱。如果决胜于一战，既不是战胜敌人的必胜之道，又会损伤我的士卒，不如按兵待之。”然后不等徐道覆招呼，挥军回泊于石头城西岸的蔡洲(今南京市西南十二里江中)。
徐道覆见卢循竟然退缩蔡洲，心里那个气啊：“我终为卢公所误，事必无成;使我得为英雄驱驰，天下不足定也。”
刘裕一直密切关注卢循动向，当看见其船只纷纷停泊在蔡洲，不由大为高兴，乘卢循顿兵蔡洲之机，派人广伐树木，在石头城和秦淮河口等地全部立起栅栏，又在淮口筑查浦、药园、廷尉三垒，派重兵坚守。
而卢循卢老道则安心也很有耐心的等着晋军自行溃乱，但等来等去，晋军一扫疲态，反而还有些强盛了!卢循这才后悔先前不从徐道覆之言，立刻对晋军展开猛攻。
可惜，战场时机，稍纵即逝，这期间，让刘裕不但建设好了各种军事设施，还顺利地集结起自江淮入卫的军队。
卢循数战晋军，败多胜少，偏偏又遭暴风，战舰吹翻不少，死者众多。
无奈之下卢徐二人退据寻阳，准备袭取荆州，据天下三分之二，使士气复振，再寻取机会掉头进攻建康。
公元410年七月初十，两人拔军向南撤退，同时刘裕大发水军追赶，同时又命建威将军孙处等人率领部众三千人从海上绕道，前去袭击番禺。
刘裕叮嘱他们说：“此贼行破，应先倾其巢窟，令奔走之日，无所归投，非卿莫能济事。”
卢循退败之师，无心恋战，沿路遭到东晋各地地方军的袭击，背后又有刘裕追着打，可谓苦不堪言。
他们先是在江陵被荆州刺史刘道规打得满地找牙，被迫走还盆口(九江附近)。不久，又得知老巢番禺已被孙处等人端掉的消息，接着又在大雷(今安徽望江)遭到刘裕的纵火猛攻，退往左里(今鄱阳湖口)，而刘裕进至左里再击，贼军被杀过万。
徐、卢两人开始分道扬镳，徐道覆逃返始兴，卢循往番禺方向狂奔。
公元411年二月，始兴被晋军攻陷，徐道覆身死。
三月，卢循一度摆脱了追兵，围攻孙处镇守的番禺，连攻二十余日不下，而晋军已从后尾击而至，卢循于番禺城下又损万余人，只得远遁合浦(广东合浦东北)。
孙处等人率军摄踪而来，卢循弃合浦走交州，一路交战，到了交趾郡龙编县南津(今越南慈仙、仙越地区)，终于穷途末路，卢循鸩杀妻子十余人，投水自尽。
至此，由孙恩所兴起的“五斗米教”，前后闹腾了十一年多，终于被刘裕彻底平灭。
至此，刘裕终于不会受制于叛军，他也开始专注于朝堂之上，看着傀儡般的司马德宗，想想昔日的桓玄，一个大胆的想法开始萌生：这个皇帝该是我的!
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