次年正月二十三日，杨牡丹临产，只是这次不像以前那样顺利。刹那间，厅堂上空彩云缭绕，金光闪烁，厅堂内香气氤氲;接着从东山上飞来一只五彩凤凰，绕都督府转了一圈，呜叫一声，随即展翅向长安方向飞去。如此怪异的现象，武都督有些惊魂不定，不知是吉是凶。正琢磨着，只听见堂屋内几声婴儿啼哭，杨牡丹生下了武则天。
当然，这只是人们的传说，这个神话传说应该是杨牡丹为武则天夺取皇后之位编造出来的，说武则天出生前是“黑龙感孕”，“凤凰来祥”，当然有利于她和王皇后的争权。武则天掌权后把利州西山改名为乌龙山，把江潭叫黑龙潭，改东山为凤凰山。又把杨牡丹当年在利州进行佛事活动的西山寺改名为皇泽寺，并进行修缮和扩建。
龙舟感孕的传说，为的就是废立之事的明争暗斗而出笼的。六年(655)十月十三日，高宗下诏：王皇后、萧淑妃谋行鸩毒，废为庶人，母及兄弟，一并除名，流岭南。
文武百官见废立大局已定，都倒向李勣、许敬宗一边，纷纷上表，请立昭仪为皇后。十月十九日，高宗正式颁布《立武昭仪为皇后诏》。诏书颁布之后，按贞观之礼，举行了隆重的“纳后”仪式，太极宫和常御殿张灯结彩，宴庆气氛异常热烈。武昭仪披霞戴冠，拜受册命后乘辂车，随鼓吹仪仗队，入宫，登上了皇后的宝座。
杨牡丹也被请进皇宫，她见到册封皇后的盛大场面，目睹了女儿的荣耀与尊严。车驾相从，彩旗猎猎，宫娥、侍从前呼后拥，就连于志宁、许敬宗、李勣、李义府这些元勋大臣们也跪地参拜，皇帝出宫亲自迎驾。想起在文水被武家子侄的歧视，想起女儿在感业寺的情景，想起自己18年寡居的困境，不由得泪眼涕零。女儿终于时来运转，她也苦尽甜来，她那时认为这是佛的慈悲，是她修禅的果报，是护法神的保佑。
不久，杨牡丹入居宫闱，在武皇后的请求下，高宗降旨屡加赐封。
身在宫中的杨牡丹，起居饮食、穿着日用由官府供给，平时有宫娥伺候，吃的是山珍海味，穿的是丝罗绸缎，出外乘坐豪华的车辆。莫说武家子侄，就是宫廷所有的人，包括皇上在内，对她都很尊重。
显庆五年(660)三月，武后和唐高宗到并州武氏故乡，设宴招待“从官及诸亲，并州官属父老”，“赐酤三日”，又“祠旧宅，从武士彟、殷开山、刘政会配食”。这是武则天第二次回故乡，与20多年前不同的是，这次是带着皇上女婿衣锦还乡，光宗耀祖。这一年杨牡丹已是82岁高龄的老人了，但是，她精神健旺，和皇帝皇后同行，没有疲累的感觉。她也是离开文水后二十多年参拜丈夫的坟茔，举行了隆重的祭奠。
就在这年的十月，高宗得病，“风眩头重，目不能视”，便将朝廷政务交给武后代行，实质上算是掌握了朝廷中的一切权力，由她一人决策，独断独行。自此之后武则天展露了她的政治才能，由于武则天生性霸道，每当有大事抉择，高宗都受制于武则天，高宗非常不满，于是在麟德元年(664年)与宰相上官仪商议，打算废掉武则天皇后之位。但上官仪的废后诏书还未草拟好，武则天即已接到消息。她直接来到高宗面前，追问此事，唐高宗不得已，便把责任推到上官仪身上。十二月，上官仪被逮捕入狱，不久，即被满门抄斩。从此以后，唐高宗每次上朝，武则天必在帘后操纵，天下大权完全归武后掌握，甚至连生杀大事都由武后决定了，高宗只能唯唯从命，所以，朝廷内外都称为“二圣”。
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