朝廷内喜气洋洋，大家纷纷为讨伐了“叛逆”额手称庆。
大战之后就应该是大清算了。依附“叛党”的平忠正带着儿子投降了平氏首领平清盛，而源为义也向儿子源义朝自首。为了彻底清除掉崇德上皇的势力，后白河天皇的亲信藤原信西提议将已经有两百多年没有施行的死刑重新恢复，将崇德上皇一方的武土统统处斩。是年七月二十八日，平清盛“大义灭亲”将与自己意见不合的“乱党”平忠正及其四个儿子全部处斩。源义朝原想替父亲和诸位兄弟求情，结果引得后白河天皇的不悦。尽管源义朝不愿意斩杀父亲与兄弟，可是圣旨已下，他也无计可施。
其实大家心里都明白，与自己一直不和的平忠正的存在，使得平清盛这个平氏栋梁当得并不怎么如意，所以斩杀平忠正时，平清盛心里说不定早乐开了花。然而，源义朝并不像平清盛那样假惺惺，他是真的不想斩这些亲人。一方面，毕竟是父子情、手足情，有点下不去手;另一方面，自己的几个兄弟差不多都跟着父亲源为义混，这下差不多全都一锅端了，对河内源氏而言可是个巨大的损失。
不想砍归不想砍，当下的情形也是不得不砍了，源义朝只好亲自监斩，把自己的父亲和几个兄弟都给斩了，而唯一没被杀死的兄弟便是那个骁勇善战的镇西八郎源为朝了。源为朝脾性暴烈，在父亲源为义投降时拒绝降服，独自逃走，后来在洗澡的时候被人偷袭，给逮了回来。
镇西八郎最后的结局也不怎么样，他先是被废了手脚，然后被流放到了伊豆大岛，可这位仁兄安静地养了几年伤后便又开始闹腾起来，带着人占岛为王，随后也被讨平。最后心有不甘的源为朝只好切腹自尽，他也成为日本历史上第一个切腹自尽的武土。只是当他切腹之后，没有立即死亡，而是倒在血泊之中抽搐了好久才因失血过多而死，因此后世的武士一旦要切腹，一般都会找来一个武士充当“介错”，在自己切腹时一刀砍下自己的头颅，避免出现切腹之后半死不活的情况。
处理完了平忠正和源为义，后白河天皇开始找最后一个人清算了，那个人正是他的兄弟崇德上皇。当时后者已经出家，但后白河天皇仍不放心，就将其流放到荒无人烟的讀岐岛，让其孤独终老，这招可以说是又损又狠。
这场发生在保元元年的政变被称为“保元之乱"”，可以说武士正是从保元之乱开始登上政治舞台的。但是，事实上保元之乱后真正掌控了权力的还不是武士们，而是后白河天皇的亲信藤原信西。藤原信西一当政，立即着手恢复天皇亲政的制度，实行了被后世称为“保元之治”的新政。其核心政策如下：一、整顿庄园，抑制大家贵族的势力;二、整顿寺社;三、重建之前因为各种天灾人祸毁坏的皇官;四、恢复朝廷的各种礼仪与祭典。
保元三年(公元1158年)，后白河天皇退位，将呈位让给了自己的儿子，即二条天皇，而他自己则像之前的白河天皇和鸟羽天皇那样，开设院厅，成为真正掌控权力的上皇。不知道是不是因为之前保元之乱处理亲戚的态度，后白河上皇以及权臣藤原信西一直不怎么待见源义朝，反而和平清盛走得很近。就在源义朝十分苦恼的时候，一天晚上，—个人趁夜拜访了他。当源义朝看到客人的模样之时，顿时吃了惊，原来当夜拜访他的人正是后白河上皇的男宠藤原信赖。在保元元年的时候，藤原信赖还只是个武藏守(官名)，但是到了保元二年的时候，他就靠后白河上皇的宠爱平步青云，成为宫中炙手可热的人物。
藤原信赖和源义朝的会面，《平治物语》有详细的记载。
“你在保元之乱中立下了大功，上皇大人说你是大忠臣。”藤原信赖一上来就给源义朝扣了个功臣的高帽子。
源义朝被拍了马屁，有些摸不着头脑：“权大纳言大人半夜找我难道就为了这事?这事以前上皇大人就已经表彰过了啊?”
藤原信赖摆了摆手，示意源义朝不要着急：“可是，当今朝廷上却出了个弄权的奸臣。”
“哦?竟然有这事?”源义朝假装吃惊，尽管他知道这个后白河上皇的宠臣说的“弄权的奸臣”指的是谁，但是他还是十分谨慎，装得十分纯洁无瑕，仿佛与黑暗的政治斗争毫无瓜葛一般。
“就是藤原信西，欺君弄权，”藤原信赖假装有些生气，接着他又装得有些愤愤不平，“而且，我知道他很排斥你，听说他还让他的儿子娶了平清盛的女儿。”
听到这件事情，源义朝的心情顿时陷入了低谷，脸上便稍有愠色“这是藤原信西告诉我们的。”藤原信赖最后这句话就像是炸弹般，令源义朝爆发出了自己的愤怒。
藤原信西不喜欢源义朝，这件事其实源义朝心里十分清楚，而藤原信西与平清盛结为亲家一事，也确实让源义朝颜面扫地。因为在平清盛巴结上藤原信西之前，源义朝就曾想拉拢藤原信西，于是向藤原信西求亲，希望结成亲家。可是藤原信西却表示，公家的尊贵岂是他源义朝—个武土能随随便便高鎣的，毅然决然地拒绝了这门亲事。可是之后没几天，藤原信西就让平清盛拳上了尊贵的公家。而且那句这是藤原信西告诉我们的”，也就是说，源义朝向藤原信西求亲然后被拒绝的事，早就被后者说了出去，并且已经是满朝文武人人皆知。
看着火候差不多了，藤原信赖就又浇了一把油上去：“论人品，论长相，论武勋，他平清盛哪点比得上你源义朝啊，都是因为小人当道，才会让你如此失意。”
源义朝脑子一热，将手中的扇子摔在了地上：“他平清盛算什么东西，当初平定保元之乱用火攻的计策，还是我先向上皇大人提出来的呢!”
就这样，河内源氏的首领源义朝一时意气用事，上了藤原信赖的贼船。
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