出生后不久，玛格丽特王后的父母就在图勒镇的教堂为她举行了盛大的受洗仪式，许多身份地位很高贵的亲属都参与并见证了这次典礼。之后，在玛格丽特王后的婴儿时期，一个名叫欧法妮的家庭保姆负责照顾她。欧法妮为这个家族服务多年，忠诚可靠，伊莎贝拉生下的所有孩子都是由她照管的。
玛格丽特王后这一家人与欧法妮感情很深，欧法妮不幸辞世后，为了纪念她，雷尼埃勒还特地建造了一座纪念碑。纪念碑上有欧法妮的雕像。这个雕像中，欧法妮臂弯间还抱着两个孩子，据说其中一个孩子就是玛格丽特王后。
伊莎贝拉的父亲洛林公爵查理二世去世时，洛林本应该由伊莎贝拉和雷尼埃勒继承的，可是洛林公爵的另外一位继承人却突然冒了出来。这位继承人并不认为自己比伊莎贝拉更有权利继承洛林，而是他认为即使伊莎贝拉得到丈夫的全力支持，他也比伊莎贝拉更为强大，能够夺取并守卫好洛林。
这位准备强行继位的人就是伊莎贝拉的叔叔，刚刚去世的洛林公爵查理二世的弟弟安东尼·德·沃代蒙。伊莎贝拉的父亲去世后，安东尼就决定夺取洛林公国的所有权，决不能让它落入它合法的继承人伊莎贝拉之手。他觉得伊莎贝拉不过是个女流之辈，因此，他很瞧不起他这个侄女。
他表示：“洛林地位尊崇，历来都是兵家必争之地，决不能由一个女人来掌管。”安东尼召集了自己的追随者和私兵，组建了一支军队，开始攻城略地。而另一方面，伊莎贝拉则尽她所能地让洛林人民支持她的事业。雷尼埃勒以伊莎贝拉的名义组建了一支武装力量，并亲自指挥大军前去迎战安东尼。
伊莎贝拉自己则带着孩子们来到了洛林的主要城市南锡，对当时的她来说，南锡是最安全的地方，伊莎贝拉打算在那里等待战争的结果。那时，玛格丽特王后大约两岁。
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