秦始皇设立“三公九卿”制度，为封建专制主义中央集权国家制度的建立创造了雏形，对以后的历代封建王朝的建立，有着重要的影响。
三公九卿制度的基本结构从秦朝一直沿用到两晋，直至隋文帝创三省六部制。从三省六部制的结构上来看，也有着三公九卿制结构的影子。此后，一直到明代，明太祖朱元璋废掉中书省、尚书省及门下省，六部直接对皇帝负责，中国古代历史中的中央官制三级制度才算寿终正寝。
三公九卿这一制度沿用约达800年，从结构上影响三省六部制，并左右中国古代中央官制约达700年。可以说，三公九卿制，上承夏商周，下接隋唐宋元，在中国历史上留下了浓重的一笔。
名称的由来
注意：这只是名称的由来，并不是制度的建立，三公九卿中央制度的真正建立是在秦朝。
夏朝时，设三公九卿，《礼记》记载：“夏后氏官百，天子有三公、九卿、二十七大夫、八十一元士。”
殷亦三公九卿，伊尹曰：“三公调阴阳，九卿通寒暑。”
周以太师、太傅、太保为三公(《通典·职官一》)，也有的说三公为司马、司空、司徒(《韩诗外传》曰：“三公之得者何?曰司马、司空、司徒也。司马主天，司空主土，司徒主人)，以少师、少傅、少保、冢宰、司徒、宗伯、司马、司寇、司空为九卿。
秦王朝在确立“皇帝”尊号的同时，还总结了战国以来各国的官僚制度，建立起了一套适应封建统一国家需要的中央政府机构，这就是三公九卿制度。
三公之间互不统属，直接隶属于皇帝，便于皇权集中。无论三公，还是九卿，均由皇帝任免调动，一律不得世袭。
具体的工作
总领国家政务者：丞相
三公系列：三大最高政府机构
1.丞相：政府最高行政长官，有一个秘书处十三曹，下辖九卿。
2.太尉：最高军政长官，负责管理全国军事事务，但他平时没有军权，战时也要听从皇帝的命令，而且要有皇帝的符节才能调动军队，军权实际上也是掌握在皇帝手里。
3.御史大夫：主要管理记事，其地位相当于副丞相，主要职责是管理图籍、奏章，监察文武百官。御史大夫下设御史中丞，驻在皇宫;侍御史，弹劾中央和皇宫一切事;监御史，中央派到地方各郡负责监督郡守的御史。
九卿系列：分掌政事的九大机构
1.奉常：总掌国家与皇室礼仪祭祀等，同时接受皇帝直辖;
2.郎中令：类似现在的秘书长，沟通皇帝系统与政府系统;
3.卫尉：总掌皇城、皇室及所有京师官署之护卫，接受皇帝直辖;
4.太仆：总掌国家与皇室车马、交通、路政等，同时接受皇帝直辖;
5.廷尉：总掌法治领域，辖左监、右监、狱政三大官署;
6.典客：总掌邦交事务，类似现在的外交部长;
7.宗正：总掌皇族事务，接受皇帝直辖;
8.治粟内史：总掌天下农业经济，是当时最主要的经济大臣;
9.少府：总掌国家工程，以原司空府为基础扩大设置。
秦始皇时期九卿之中的廷尉就是李斯，后升为丞相，郎中令就是秦朝名将蒙骜之孙，蒙武之子，蒙恬之弟蒙毅。
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